Seminars

– Séminaire 07/12/23 à 11h00

 Présenté  par Chloé DUPONT

Adaptation de pathogènes opportunistes environnementaux aux poumons de patients atteints de mucoviscidose

Résumé : 

 La mucoviscidose est une maladie génétique autosomique récessive qui touche de nombreux organes et en particulier les poumons. Dès le plus jeune âge les voies respiratoires profondes peuvent être colonisées par des bactéries d’origine environnementale, et la source de contamination par ces bactéries est généralement inconnue et les potentiels réservoirs sont peu étudiés. Après la primocolonisation, en cas d’échec d’éradication, ces bactéries sont capables de coloniser chroniquement les voies respiratoires durant des années voire la vie du patient. Depuis une dizaine d’année mes thématiques de recherche au sein de l’équipe PHySE de l’UMR HSM ont majoritairement porté sur les pathogènes opportunistes d’origine environnementale dans le contexte de la mucoviscidose. Au départ j’ai étudié les mécanismes d’adaptation sous tendant la persistance de ces bactéries dans les voies respiratoires. J’ai particulièrement étudié l’hétérogénéité génétique et phénotypique au sein de populations clonales d’espèces bactériennes considérées comme émergentes dans cette pathologie. Par la suite, j’ai développé un axe de recherche sur la mise en évidence de ces pathogènes opportunistes au sein des domiciles de patients et les cycles potentiels de transmission environnement-patient. Pour cela, j’ai effectué de nombreux prélèvements dans l’environnement domestique de patients atteints de mucoviscidose, particulièrement dans les zones humides et j’ai comparé les génotypes isolés à ceux colonisant les voies respiratoires. Dans 50% des cas des transmissions entre le patient et son environnement ont été mises en évidence suggérant de potentielles contaminations à partir de l’environnement proche. Ce sont les résultats de ces différentes études que j’aurais le plaisir de vous présenter le 7 décembre.

La vidéo bientôt ici.

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– Séminaire 23/11/23 à 11h00

 Présenté  par Serafin GUTIERREZ

Towards a model of virome assembly in mosquitoes based on host taxonomy

Résumé : 

Mosquitoes harbour a large diversity of eukaryotic viruses beyond the well-known viral pathogens of humans. Those virus communities or viromes can influence mosquito physiology as well as the transmission of human pathogens. Nevertheless, we lack robust data on potential deterministic patterns governing virome assembly. Identifying such patterns (or their absence) is an essential step towards realistic tests of the virome influence on mosquito physiology or on pathogen transmission to vertebrates. During my talk, I will present data from our group on the assembly patterns in the virome of different mosquito species. Based on our results and those of others, we propose a new model of virome assembly in mosquitoes based on host taxonomy. In this model, differences in relative abundance of shared viruses would dominate between the viromes of closely-related hosts (i.e. between populations of a mosquito species, or between closely-related mosquito species). The dominant difference would change along with host taxonomic distance. Thus, differences in virus diversity would prevail between unrelated mosquito species. This preliminary model has yet limited empirical support and requires more studies exploring its validity.

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– Séminaire 16/11/23 à 11h00

 Présenté  par Adam DOBSON

Remote control : how di gut bacteria modulate host ageing ? Characterising the microbiota-gut-brain axis in Drosophila

Résumé : 

Gut microbiota strongly shape host physiology and health. This influence includes effects on ageing, which is arguably the biggest contemporary challenge to healthcare systems. We do not know how these microbes, confined to the gut lumen, modulate systemic host functions that determine host physiology, including in ageing. Uncovering fundamental mechanisms of host-microbiota interactions in model systems can both generate hypotheses on the role of the microbiota in ageing, and also elucidate fundamental roles of bacteria in animal biology.

In our lab we are characterising how gut bacteria alter systemic hormone signalling and metabolism, and how this affects ageing. We use a Drosophila model, which allows us complete control of the microbiota, diet, and host biology. We have shown that specific microbes determine host lifespan and physiology via the enteroendocrine hormone Tachykinin (Tk), an orthologue of human Tac1. Microbiota appear to shape life-history via interplay with Tk, and interfering with both simultaneously can render flies long-lived but without anticipated costs to other traits in early life, associated with striking switches in metabolism and signalling. These effects appear to be mediated by signalling from the gut to neurons, but independent of downstream signalling pathways that canonically modulate ageing. We are now investigating whether the effect of Tk knockdown on lifespan is mediated by a immunity-mediated feedback to the microbiota itself, which would imply that fly microbiota accelerate ageing by manipulating the host via Tk to be more hospitable, at a cost of accelerated mortality. This implies a significant role for a novel microbe-gut-brain axis in shaping lifelong health and life history, which we expect to be evolutionarily conserved.

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– Séminaire 13/11/23 à 14h00

 Présenté  par Tania SUAREZ

Seabirds as sentinels of antimicrobial resistance in central chile

Résumé : 

Antimicrobial resistance (AMR) is a global public threat. Seabirds have been reported as carriers of extended-spectrum β-lactamase-(ESBL) producing Escherichia coli (ESBL-EC) which is found in a wide range of habitats including central Chile. The temporal dynamics of ESBL-EC carried by seabirds remain poorly understood. Different foraging habits and reproductive cycles in seabirds could also impact their AMR prevalence. In the Humboldt Current Large Marine Ecosystem in Chile, climate variation occurs over the year and is home to the resident, migratory, and native seabirds, making it an adequate environment to explore AMR variability through time and by host species. We aim to estimate the prevalence of ESBL-EC of Larus dominicanus, Larus pipixcan and Pelecanus thagus in summer season and also in winter for L. dominicanus during a two-year period (2020-2023). We compared the prevalence of ESBL-EC among the host species and time using a Generalized Linear Model. The prevalence in L. dominicanus and P. thagus were higher (42% and 38%, respectively) than in L. pipixcan (18%). A statistically significant difference was found among the three seabird species (p=0.004 and p=0.01, respectively). Also, year 2022 showed a statistically significant difference (p=0.002). Despite the prevalence of ESBL-EC in L. dominicanus between summer and winter (50%) remained high, there was no significant difference (p=0.06). These results suggest that ESBL-EC is firmly sustained in the three seabird species, in particular resident and native species. Our findings call for a better understanding of the origin and drivers of AMR circulation among wild birds.

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– Séminaire 10/11/23 à 09h00

MINI SYMPOSIUM TICK-BORNE DISEASES

Résumé : 

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– Séminaire 12/10/23 à 11h00

 Présenté  par Anthony CORNEL

Mon parcours entomologique dans la lutte contre les moustiques, la biologie et la systématique

Résumé : 

Mon parcours a commencé en Afrique du Sud en 1984, en tant qu’étudiant de maîtrise étudiant la compétence vectorielle des virus du Nil occidental et de Sindbis. Depuis lors, je ne me suis jamais éloigné de l’étude de la systématique, de l’écologie, du contrôle et de la génétique des moustiques. J’évoquerai les aspects du travail qui m’ont conduit là où je suis aujourd’hui et je parlerai de mes projets futurs qui comprennent i) l’examen de la systématique des Aedes afrotropicaux et d’autres Culicines, ii) l’examen de l’utilité des essais biologiques sur les bouteilles pour prévoir les efforts de lutte contre les ULV, iii) l’accumulation de données de base sur le terrain pour une stratégie de modification génétique visant à lutter contre le paludisme dans les îles Sao Tomé et Principe et iv) la formation du personnel des nations insulaires du Pacifique à la surveillance des vecteurs du virus de la dengue et à la lutte contre les épidémies.

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– Séminaire 21/09/23 à 11h00

 Présenté  par Ashley ST JOHN

Facteurs immunitaires maternels et fœtaux le syndrome congénital du virus Zika

Résumé : 

Le virus Zika (ZIKV) provoque une légère maladie fébrile chez les adultes, mais il est le plus préoccupant parce qu’il peut se transmettre verticalement de la mère au fœtus. Les fœtus des femmes enceintes infectées sont exposés au risque de syndrome congénital du Zika (SCZ), qui peut se traduire par une microcéphalie, des calcifications cérébrales, l’absence de gyri cérébral et d’autres anomalies neurologiques. L’émergence du ZIKV en Polynésie française en 2013 et au Brésil en 2016 a coïncidé avec une forte augmentation des cas de microcéphalie.et les virus isolés se sont révélés être d’une nouvelle lignée “asiatique”, contrastant avec les souches de la lignée “africaine”.

À l’aide d’un modèle murin de transmission verticale du ZIKV, les contributions fonctionnelles de plusieurs types de cellules immunitaires fœtales ont été étudiées, ainsi que les macrophages primitifs, la microglie et les monocytes à l’exacerbation de l’infection par le ZIKV par rapport au contrôle. Nos résultats indiquent également que les anticorps maternels jouent un rôle dans l’augmentation de la transmission verticale de l’infection dans les modèles de souris et de primates. Nous observons que les facteurs immunitaires maternels et fœtaux peuvent
influencer les résultats de l’infection par le ZIKV et la gravité de la maladie chez les fœtus.

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– Séminaire 07/09/23 à 11h00

 Présenté  par Perot SAELEO

 Tiques, la bombe à retardement : Faire progresser les technologies génomiques pour lutter contre la menace des vecteurs nuisibles

Résumé : 

Les tiques, en tant que vecteurs ectoparasites, représentent une menace importante pour la santé humaine et animale, car elles sont responsables de la transmission de maladies majeures. L’expansion de l’aire de répartition géographique des tiques et l’émergence d’une résistance aux acaricides constituent des défis pressants pour les stratégies de contrôle actuelles. En réponse, ce séminaire de recherche explore des approches innovantes qui s’appuient sur la génétique des populations et les techniques avancées de séquençage du génome entier pour comprendre la diversité génétique des tiques et faciliter le développement de nouvelles thérapies. En adaptant des outils génomiques d’organismes “modèles” à des organismes non modèles, nous souhaitons révolutionner la recherche sur la biologie des vecteurs de tiques. Nos résultats pourraient ouvrir la voie à des stratégies plus efficaces et plus ciblées pour lutter contre la menace croissante des maladies transmises par les tiques. L’intégration des technologies génomiques de pointe à la recherche sur la biologie des vecteurs de tiques promet de faire progresser considérablement notre compréhension des populations de tiques, de leurs caractéristiques génétiques et de leurs interactions avec les hôtes, améliorant ainsi le contrôle et la gestion de ces dangereux vecteurs nuisibles.

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– Séminaire 22/06/23 à 11h00

 Présenté  par Margaux MESLEARD-ROUX

 Caractérisation de la biodynamique d’infection des bactériophages selon la diversité des isolats bactériens ciblé

Résumé : 

À la suite de contaminations de Salmonella enterica enterica serovar Tenesee dans une usine agro-alimentaire, un phage ancestral T5 a été isolé sur certains de ces isolats. Le spectre d’hôte d’un bactériophage étant très restreint, il apparait nécessaire de le faire évoluer de manière à augmenter sa gamme d’hôtes et éviter l’apparition de bactéries résistantes. Nous avons ainsi obtenu 4 populations de phages généralistes avec une gamme d’hôte étendue et une virulence accrue grâce à l’utilisation du protocole d’Appelmans. Afin de déterminer les modifications génétiques à l’origine de ces adaptations, nous avons séquencé les génomes des différentes populations. Les analyses bio-informatiques ont notamment révélées 2 mutations dans la protéine pb1 de la long tail fiber, une des protéines de la queue en contact direct avec le récepteur bactérien. La protéine pb1 semblant être impliquée dans l’augmentation de la gamme d’hôtes, l’introduction de ces 2 mutations chez le phage ancestral par des expériences de reverse génétique (clonage et recombinaison) permettrai la vérification de cette hypothèse.

Présenté  par Valentin CHAUVIN

Plasticité phénotypique chez Plasmodium : la réponse des stades sanguins aux piqûres de moustiques

Résumé : 

En épidémiologie et éco-évolution, étudier les stratégies adaptatives des parasites du paludisme est primordial pour comprendre leur transmission. Chez les Plasmodium, agents étiologiques du paludisme, la transmission à un nouvel hôte passe obligatoirement par un cycle de reproduction sexuée. Le succès reproducteur, et donc l’efficacité de la transmission d’un parasite Plasmodium repose essentiellement sur deux trade-offs (ou compromis évolutifs): la production de stades sexués transmissibles (gamétocytes) aux dépens de la production de stades asexués non transmissibles (taux de conversion), et l’investissement entre gamétocytes mâles versus femelles (sex-ratio). La plasticité phénotypique des gamétocytes des Plasmodiums permet aux parasites d’ajuster leurs stratégies d’investissement en réponse à des variations dans leur environnement, par exemple face à la fluctuation saisonnière de la densité des vecteurs.  Selon les théories évolutives, on devrait observer une augmentation de l’investissement dans les gamétocytes, et parallèlement une diminution de la production de mâles. Dans ce projet de stage de Master 2, nous avons tenté de confirmer ces hypothèses en utilisant le modèle aviaire de la malaria : Plasmodium relictum et son vecteur naturel : le moustique Culex pipiens. En parallèle nous avons utilisé une espèce non-vectrice du paludisme aviaire (Anopheles gambiae) afin de mettre en évidence la capacité du parasite à répondre spécifiquement à son vecteur. Au cours de cette présentation nous discuterons des résultats obtenus et des perspectives sur la capacité des Plasmodium à maximiser leur transmission en adoptant des stratégies d’histoire de vie plastique face à la disponibilité d’insectes vecteurs.

Présenté  par Léa AMICE MATTEI

Structure spatiale des populations de Goéland leucophée (Larus michahellis) et conséquences éco-épidémiologiques

Résumé : 

La dispersion des hôtes, c’est-à-dire le déplacement de l’endroit où ils sont nés ou se sont reproduits vers un nouveau lieu de reproduction, est un déterminant fort de la dynamique des maladies infectieuses. Étudier la structure génétique spatiale des hôtes peut renseigner sur l’intensité et l’étendue de leur dispersion, et donc sur le potentiel de dissémination des maladies. Le Goéland leucophée, Larus michahellis, l’une des espèces de Laridés les plus communes dans l’ouest de l’Eurasie, est le réservoir de nombreux agents infectieux à fort potentiel zoonotique. Cependant, à ce jour, il existe peu d’informations sur la structure et la dispersion entre ses populations. Nous avons examiné la différentiation génétique entre 39 populations de L. michahellis des façades atlantiques et méditerranéennes pour mieux connaître les flux géniques au sein de l’espèce et faire des prédictions sur la circulation de ses agents infectieux. Nous avons constaté que les populations de L. michahellis sont très structurées à de vastes échelles spatiales, avec la présence d’au moins trois groupes régionaux isolés. Alors que des récentes études relatent des phénomènes de prospection longue-distance de la part de certains Goélands leucophées, nous avons montré que l’essentiel du flux de gènes s’établit à des distances restreintes (de 5,5 à 10,6 km de la colonie natale). Sur la base de ces informations, nous avons fait des prédictions sur la dissémination des agents infectieux portés par l’espèce.

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– Séminaire 01/06/23 à 14h00

Présenté  par GT Equité Diversité de MIVEGEC  vidéo de la conférence d’Isabelle Regner

Mécanique des stéréotypes

Résumé : 

Isabelle REGNER est Professeure en Psychologie Sociale, Aix-Marseille Université – Vice-Présidente Egalité Femmes Hommes et Lutte contre les Discriminations – Responsable de l’équipe Cognition et Neurosciences Sociales – Aix-Marseille Université.

Cette conférence présente des résultats de recherche en psychologie sociale et cognitive qui montrent que les stéréotypes de genre peuvent d’une part, détériorer les performances académiques des élèves, et d’autre part biaiser les jugements et décisions des évaluateurs et évaluatrices au moment des promotions et recrutements. Mais, bonne nouvelle, nous pouvons agir sur ces stéréotypes

La vidéo au lien suivant https://www.youtube.com/watch?v=rdDcJS0-inE

Lien vers un test simple et rapide des associations implicites (IAT de Greenwald et al 1998), abordé par Isabelle Regner dans sa présentation : https://iat.univ-amu.fr/iat_comite/indexsciences.php?i=46758&n=65747&p=95012 (il faut entrer le code 0000). Le test ne peut se faire qu’à partir d’un ordinateur

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– Séminaire 11/05/23 à 14h00

 Présenté  par Illich MOMBO

Diversté et risque zoonotique des astrovirus circulant chez les animaux du Gabon

Résumé : 

Les astrovirus (AstVs) sont des virus qui se transmettent par voie oro-fécale directe ou indirecte par l’intermédiaire d’aliments ou d’eau souillés. Généralement responsables de diarrhée particulièrement chez les enfants de moins de 5 ans et les personnes âgées, ils peuvent engendrer des complications neurologiques chez les personnes immunodéprimées. Les AstVs appartiennent à la famille des Astroviridae qui comporte le genre Mamastrovirus, pour les AstVs de mammifères, et le genre Avastrovirus pour ceux des oiseaux. A l’origine, pensés comme très spécifiques à chaque espèce hôte, des découvertes récentes ont rapporté la possibilité d’un AstV à infecter différentes espèces hôtes. A cet effet, afin d’améliorer les connaissances sur leur distribution, la diversité génétique et le risque zoonotique potentiel, les AstVs ont été recherchés par biologie moléculaire chez les chauves-souris, les rongeurs primates, les chiens et les petits ruminants en milieu naturel ou à l’interface homme/animal au

Gabon. Ils ont été détectés chez les chauves-souris, les primates les rongeurs et les petits ruminants avec des prévalences allant de 1,5 à 7,14%, et une forte diversité génétique retrouvée au sein du genre Mamastrovirus. Ces AstVs étaient spécifiques à leur espèce hôte ce qui traduit ainsi un faible risque zoonotique. En revanche l’identification HAstV-5, un AstV humain chez un primate a confirmé le caractère zoonotique de ces virus, toutefois des interrogations demeurent sur leur possibilité à retour chez l’homme et ainsi causer des épidémies de diarrhée.

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– Séminaire 20/04/23 à 11h00

 Présenté  par Sophie TISSOT

 Cancer’s vulnerability to food availability is evolutionarity conserved : diet modulates tumorigenesis in both Hydra and zebrafish

Résumé : 

Cancer is a disease that affects the control of cell proliferation in many multicellular lineages.  Nonetheless, little is known about the extent of conservation of the biological traits and ecological factors that promote or inhibit uncontrolled cell proliferation (i.e., tumorigenesis) across the metazoan tree and throughout the evolutionary history of a species. Particularly, changes in food quantity and quality have been linked to increased cancer incidence in humans, an outcome of evolutionary mismatch. Here, we apply evolutionary ecology principles to test the hypothesis whether food availability, regardless of the multicellular lineage considered, should govern tumorigenesis. We used two phylogenetically unrelated model systems, namely the cnidarian Hydra oligactis and the fish Danio rerio to investigate the impact of resource availability on tumorigenesis. Healthy individuals (including wild ones for hydra) and individuals from tumor-prone lines were placed on four diets that differed in feeding frequency and quantity. We also used individuals with tumors in early or more advanced stages of tumorigenesis. For both models, frequent overfeeding favored tumor emergence, while lean diets were protective against tumor initiation. When investigating tumor progression, high food availability promoted tumor cell proliferation, whereas low resources controlled tumor progression, but without curing the animals. We discuss our results in light of current ideas about the possible conservation of basic processes governing cancer in metazoans (including ancestral life history trade-offs at the cell level) and in the framework of evolutionary medicine.

Présenté  par Audric BERGER

Les densovirus : un outil de lutte anti vectoriel idéal ou faussement prometteur

Résumé : 

Aedes albopictus et Aedes aegypti sont des espèces de moustiques invasives qui prolifèrent dans les zones tropicales et tempérées responsable de la transmission de nombreux arbovirus tels que les virus du chikungunya, du Zika et de la dengue. En absence de traitement efficace contre ces maladies, les principales méthodes de lutte sont basées essentiellement sur la destruction des gîtes larvaires et les traitements avec des larvicides pour ceux qui ne peuvent pas être détruits. En cas d’épidémie, la lutte contre les adultes est également opérée à l’aide d’adulticides. Le développement de méthodes de lutte alternatives à la fois opérationnelles et socialement acceptables est donc une nécessité, l’accepabilité des insecticides étant de plus en plus problématique. Parmi ces méthodes alternatives, l’utilisation de virus entomopathogènes comme moyen de contrôle des populations est l’une des voies explorées. Parmi ces virus se trouve les densovirus. L’infection par les densovirus se fait aux stades larvaires par ingestion de particules virales et peut induire de forte mortalité aux stades larvaires. Cependant l’infection par les densovirus n’est pas létale dans tous les cas ; certains individus survivent à l’infection et deviennent des adultes infectés. Ces adultes peuvent alors transmettre le virus verticalement à leur progéniture, ce qui lui permet de se propager vers de nouveaux sites de ponte. Cependant, l’obtention d’adultes infectés aux densovirus soulève quelques questions. Pour être utilisée comme méthode de lutte, leur utilisation doit être sans danger pour la santé humaine, avoir un impact négligeable sur l’environnement et être efficace dans le contrôle des populations moustique en limitant les effets antagonistes avec les autres méthodes de lutte déjà en place. Je propose de discuter avec vous de l’état des connaissances actuelles sur ce que nous savons déjà et sur ce qu’il reste à découvrir afin de déterminer si l’utilisation des densovirus comme méthode de lutte est envisageable. 

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-Séminaire 23/03/23 à 11h00

 Présenté  par Idalba SERRATO-POMAR

 De multiples flavivirus sécrètent l’ANR flaviviral subgénomique anti-immun dans la salive des moustiques

Résumé : 

Les flavivirus transmis par les moustiques sont responsables d’environ 500 millions d’infections dans le monde et causent 250 000 décès chaque année. Parmi eux, le virus du Nil occidental (VNO) et le virus Zika (ZIKV) provoquent ensemble environ 30 000 infections symptomatiques, dont 50 % sont neuroinvasives. Alors que les infections flavivirales sont endémiques dans les pays tropicaux et subtropicaux, elles sont apparues dans les régions tempérées telles que l’Europe et l’Amérique du Nord au cours de la dernière décennie. Malheureusement, il n’existe pas de traitement spécifique ni de vaccin contre le VNO et le ZIKV. La lutte contre les épidémies se limite aux interventions sur les vecteurs, dont les stratégies sont peu efficaces et peu durables dans le temps.

En améliorant notre compréhension des déterminants moléculaires de la transmission virale, nous favoriserons le développement de nouvelles méthodologies de contrôle. Bien que tous les flavivirus produisent de l’ARN flaviviral subgénomique (ARNf) avec des fonctions anti-immunes chez les moustiques et les humains, il reste à déterminer si la sécrétion salivaire d’ARNf pour augmenter la transmission est un mécanisme conservé à travers les flavivirus. Pour tester cette hypothèse, nous étudions la sécrétion d’ARNf dans les salives de Culex quinquefasciatus et d’Aedes aegypti. Nous avons observé que l’ARNf restait sécrété dans la salive, protégé par la membrane lipidique des vésicules extracellulaires, qui pourraient transférer leur chargement aux cellules humaines. Nous étudions maintenant si l’ARNf salivaire augmente l’infection des cellules humaines en modifiant la réponse immunitaire. Nous émettons l’hypothèse que la sécrétion d’ARNf dans la salive représente un mécanisme pan-flaviviral d’amélioration de la transmission et donc une cible idéale pour l’élaboration de nouvelles stratégies de lutte

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-Séminaire 09/02/23 à 11h00

 Présenté  par Philippe PAGET-BAILLY

 Expression génique des Papillomavirus Humains oncogènes

Résumé : 

Les Papilllomavirus humains (HPV) oncogènes induisent de nombreux cancers dans la sphère ORL et ano-génitale. Les génotypes 16 et 18 sont responsables de 91 % de ces cancers. au niveau moléculaire, la carcinogenèse fait intervenir les oncoprotéines virales E6 et E7. Les HPV oncogènes produisent dans les cellules infectées un ARNm bicistronique contenant les deux ORF en tandem, E6 puis E7. Or la machinerie traductionnelle cellulaire n’est pas adaptée à cette configuration. Il est proposé que l’épissage dans l’ORF E6, puisse favoriser la traduction de E7 en aval. Notre objectif a donc été de déterminer lequel de ces ARNm, épissés ou non, est utilisé pour produire l’oncoprotéine E7.

Pour ce faire, nous avons exprimé dans la lignée U2OS soit l’ensemble des ARNm épissé ou non, soit uniquement l’ARNm non épissé E6E7, soit uniquement l’ARNm épissé appelé E6*IE7 des génotypes 16 et 18. La séquence de l’eGFP a été fusionné en C-ter de E7 dans les constructions plasmidiques utilisées afin de servir de marqueur de l’efficacité de traduction de E7. La production des différents ARNm et protéines HPV a enfin été étudié par RT-qPCR, western-blotting et cytométrie en flux.

Les niveaux d’expression de E7-GFP normalisées par les taux de transcrits montrent de manière significative que les transcrits épissés sont plus efficace pour traduire E7 que les transcrits non-épissés. Ces résultats, indiquent que chez les HPV 16 et 18 l’épissage ser effectivement à réguler positivement l’expressionde l’oncoprotéine E7.

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Séminaire 16/02/23 à 11h00

 Présenté  par Pina Brinker

 Complex intercations in a host-symbiont-microbiome triangle : the wasp Asobara japonica, the endosymbiont wolbachia and the remainder microbiome

Résumé : 

Recent research on microbial communities suggests that symbiont-induced phenotypes are not caused by the symbiont alone but in interaction with the remainder host microbiome. Therefore, studies should include the inclusion of microbe-microbe and host-microbe interactions into host-symbiont studies to fully understand symbbiosis, but also how microbe ommunities are shaped and maintained. We investigated the tripartite interaction between the endosymbiont Wolbachia, its host, the parasitic wasp Asobara japonica, and the remainder microbiome. Wolbachia infection in these wasps causesasexual reproduction, wich can occasionally fail, potentially due to microbe-microbe or host-microbe intercations. By investigating the complex intercations beteween host genotype, bacterial community composition and symbiont status in the field and experiementally, we showed that the symbiont-induced reproductive phenotype is executed in close interaction with the host genotype and the remainder microbiome and that these intercations can be effect by environmental changes. With that we could an important first step to deepening our understanding of this tripartite intercation. 

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 Séminaire 09/02/23 à 11h00

 Présenté  par Héléna LADREYT

Modélisation de l’exposition humaine potentielle au virus de l’encéphalite japonaise (JEV) en cas d’introduction à La Réunion

Résumé : 

Les Le virus de l’encéphalite japonaise (JEV) est un virus zoonotique à transmission vectorielle et la principale cause d’encéphalite aiguë humaine en Asie. Les nombreux échanges commerciaux et humains entre l’Asie du Sud-Est et l’île de La Réunion, une île française située dans l’océan Indien, suscitent des inquiétudes quant à l’introduction du JEV sur l’île où les vecteurs potentiels du JEV (Culex quiquefasciatus et Culex tritaeniorhynchus) et des hôtes amplificateurs tels que les porcs sont présents. Il a été supposé que chacune des 256 exploitations porcines réunionnaises abritait une population de Culex supp. et formait une unité épidémiologique avec les hôtes compétents-porcs et volailles – et les hôtes non compétents- humains, chiens et bovins- situés dans un rayon de 1 km (distance moyenne de vol d’un Culex spp ). nous avons utilisé un modèle déterministe compartimenté, développé et validé au Cambodge ( où l’EJ est endémique) et adapté au contexte de l’île d e La Réunion afin d’étudier si ces unités épidémiologiques pouvaient être envahies par le JEV en cas d’introduction sur l’île.

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L’équipe des séminaires MIVEGEC : colombine.bartholomee@ird.fr ; elsa.beurrier@ird.fr ; ella.marcy@ird.fr ; océane.rieu@ird.fr

 Séminaire 26/01/23 à 11h00

 Présenté  par Amandine Cournil

Recherches impliquant la personne humaine (RIPH) dans le domaine de la santé : réglementation, bonnes pratiques et cellule d’appui IRD

Résumé : 

Les recherches dans le domaine de la santé humaine font l’objet d’un encadreement et d’une régleentation spécifiques. Il est important d’identifier, dès les phases de conceptionet d emontage de sprojets, le cadre réglementaire de la recherche afin d’anticiper et de faciliter le processus des dépôts éthiques et réglementaires. Pour accompagner les unités dans ces démarches, une cellule d’appui dédiée aux recherches impliquant la personne humaine (RIPH) a été mise en place à l’IRD.

La présentation en format PDF ici.

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Annulé  Séminaire 12/01/23 à 11h00 reporté au 16/02

 Présenté  par Pina Brinker

 Complex intercations in a host-symbiont-microbiome triangle : the wasp Asobara japonica, the endosymbiont wolbachia and the remainder microbiome

Résumé : 

Recent research on microbial communities suggests that symbiont-induced phenotypes are not caused by the symbiont alone but in interaction with the remainder host microbiome. Therefore, studies should include the inclusion of microbe-microbe and host-microbe interactions into host-symbiont studies to fully understand symbbiosis, but also how microbe ommunities are shaped and maintained. We investigated the tripartite interaction between the endosymbiont Wolbachia, its host, the parasitic wasp Asobara japonica, and the remainder microbiome. Wolbachia infection in these wasps causesasexual reproduction, wich can occasionally fail, potentially due to microbe-microbe or host-microbe intercations. By investigating the complex intercations beteween host genotype, bacterial community composition and symbiont status in the field and experiementally, we showed that the symbiont-induced reproductive phenotype is executed in close interaction with the host genotype and the remainder microbiome and that these intercations can be effect by environmental changes. With that we could an important first step to deepening our understanding of this tripartite intercation. 

La vidéo bientôt  ici.

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  Séminaire 08/12/22 à 11h00

 Présenté  par Rémy Froissart

 Dossiers “APA”pour nos projets : quoi ? qui ? comment ?

Résumé : 

La convention sur la diversité biologique puis le protocole de Nagoya ont mis en place une réglementation concernant l’accès et le partage des avantages découlant de l’utilisation des ressources génétiques et des connaissances traditionnelles associées (nommé simplement “APA”). après avoir été adopté par de nombreux pays dans le monde (chaque pays ayant ses propres législations), il convient désormais d’entamer les démarches différenciées, selon que les échantillons sont collectés dans notre pays (France) ou dans des pays tiers. dans ce dernier cas, un PIC et un MAT doivent être nécessairement mis en place, ainsi qu’une DDD( notez que le MTA n’est pas concerné par l’APA même s’il peut être nécessaire)! Attention, cette réglementation est obligatoire pour tout projet depuis 2014 (voir rétro-actif) et est pénalement répréhensible en cas d'”oubli”. Alors, pour comprendre les démarches à faire, comprendre ces acronymes, connaître vos correspondant-e-s APA, il faut venir à la présentation !

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Séminaire 01/12/22 à 11h00

 Présenté  par Sébastien Avizou

 QIAcuity, la solutiondPCR en Nanoplaques

Programme ici 

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Séminaire 24/11/22 à 11h00

 Présenté  par Elena Arsevska

 MOOD project, co-conception of tools and services for epidemic intelligence with European national public and animal health agencies

Résumé : 

With climate change, animal and human mobility, growing populations and urbanization, there is an increased risk of the emergence and accelerated global spread of new pathogens. It is crucial that the emergence of a pathogen can be rapidly detected and assessed for the risk it poses to public health through all the available sources of data.

With the funds provided by the European Union’s Horizon 2020 ‘Research and innovation programme, the MOOD project aims at taking advantage of data mining, analysis and visualization of health, environmental and other data to enhance the utility of event-based surveillance (EBS). Ultimately, MOOD is supporting the work of European and global public and animal health agencies and surveillance practitioners by providing existing monitoring platforms with novel features, and methodological and practical support adapted to their needs.

This talk will present the MOOD project (https://mood-h2020.eu/), and some of its recent developments and activities, such as the state of the art epidemic intelligence and user needs at health agencies, the multisectoral disease risk mapping groups, covariates and surveillance of media (https://mood-h2020.eu/mood-platform/), to support the epidemic intelligence in Europe.

The projects will provide a series of talks, regarding all abovementioned topics in the months to follow

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Séminaire 15/11/22 à 11h00

 Présenté  par Florian Trigodet

 Microbial genomic dynamism : an upside-down story of closely related microbial populations

Résumé : 

Microbial ecology relies on the simplificationof the microbial diversity into discrete entities. such entities, whether they are pa,genomes, taxon names, amplicons sequence variants, or population genomes, enable quantitative and qualitative invecstigations as we seek to understand the interplay between microbes and their environnemt. Due ti challenges associated with popular computational strategies and sequencing technologies, phenotypes of such discrete entities are de facto assumed to remain conserved accross environments, despite decades of research that shows that heritable and non-heritable genetic alterations can rapidy change lifestyles of individual microbial populations in short evolutionary times cales.Here we used genome-resolved metagenomics, long-read sequencing and fecal microbiota transplantation to investigate rapid genomc alterations to donor microbial populations as they colonize distinct recipients.Our analyses reveal significant alterations to donor microbial population genomes in FMT recipients within weeks through multiple distinct mechanism, such as transfer of mobile genetic elements, inversions, and diversity generating retroelements.Among our results, Bacteroides fragilis and Akkermansia muciniphila were the most dynamic populations with genomic inversions disrupting and re-organizing open-reading frames of a restriction modification system as well as promoter inversions regulating membrane related genes. Our findings show that characterizing genomic dynamism within complex ecosystems is quite underestimated at the moment, despite the massive functional implications of such events.

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Séminaire 17/10/22 à 11h00

 Présenté  par Leo UCHIDA

Zika Virus Potential Vectors among Aedes Mosquitoes and viral varia,ts constructed in mosquitoes -Arbovirus research in Hokkaido, Japan-

Résumé : 

Recently in Japan several autochthonous and/or imported vector-borne viral diseases have been reported, such as Dengue, Zika, and Tick-borne encephalitis. In this seminar, I would like to introduce our research activity regarding tick- and mosquito-borne viral diseases in our laboratory.
Tick-borne encephalitis (TBE) is one of the zoonotic diseases caused by tick-borne encephalitis virus (TBEV), which belongs to family Flaviviridae. In 2016, a second domestic TBE case was reported in Hokkaido, Japan, after an absence of 23 years. To evaluate the role of wild animals, we conducted a serosurvey for TBEV on deer and raccoon sera, and their infection rates were 2.2% and 10.7%, respectively. The virus isolation from field ticks was not succeeded, but novel tick-specific viral genes belong Phenuiviridae were detected.
Zika virus (ZIKV) is a rapidly expanding mosquito-borne Flavivirus that causes febrile illness in humans. Aedes aegypti and Ae. albopictus are the primary ZIKV vectors; however, the potential vector competence of other Aedes mosquitoes distributed in northern Japan are not yet known. We evaluated ZIKV susceptibility of Ae. japonicus, a recent invasive mosquito species which originated in Asia, and clarified ZIKV can propagate in Ae. japonicus however, their infection rate and dissemination rate are lower than in Ae. aegypti and Ae. albopictus. In another experiment, to evaluate the viral adaptation to the mosquitoes, the temporal change of genetic variants of ZIKV propagated in mosquitoes was evaluated by Next generation sequencing. The variant structure of ZIKV changed with time, and specific amino acid changes accumulated in the viral envelope region.

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Séminaire 13/10/22 à 11h00

 Présenté  par Giacimo ZILIO

Eco-evolutionary feedbacks during experimental epidemic waves, or there and back again

Résumé : 

Spreading epidemics resemble biological invasions in that eco-evolutionary dynamics can foster the rapid emergence of spatial patterns of trait variation. Similar to organisms at range expansion fronts, parasites at the front of an epidemic wave may evolve higher transmissibility and higher virulence, thus accelerating their rate of spatial spread. However, the opposite prediction may hold if virulence compromises the capacity of infected hosts to disperse. Moreover, little is known about whether such outcomes are modulated by concurrent host evolution, potentially changing eco-evolutionary feedbacks and disease spread.
We investigated the interplay between epidemiology and evolution in interconnected microcosms of the ciliate Paramecium caudatum and its bacterial parasite Holospora undulata. Two long-term treatments mimicked spatially progressing populations, where infected and uninfected hosts at the front reached new patches through active swimming or passively in randomly picked groups. Evolved parasites and hosts showed differences in traits determining the epidemiological potential (parasite R0, virulence, resistance) and spatial spread (host dispersal). Overall, these evolutionary changes affected the speed of the epidemic itself.
In the light of global alteration of habitats and increasing opportunities for dispersal, a spatial eco-evolutionary perspective is therefore crucial. As simplified abstractions of the real world, such experiments can (i) inform on how different spatial ecological scenarios shape host and parasite trait evolution during an epidemic, and (ii) help to assess the impact of such different evolutionary histories on the spatial spread of disease.

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Séminaire 21/06/22 à 15h00

 Présenté  par Marine Petit

Learning from the genes: a transcriptomic approach to bunyavirus-tick cells interactions

Résumé : 

Ticks are vectors of several emergent and re-emergent arboviruses across the world representing an important public health threat. The recent rise of tick-borne virus diseases in human population is associated with the impact of global warming on tick population and life cycle. To prevent such infections, we need novel vector-based control strategies requiring a better understanding of vector-virus interactions at the molecular level.

My research project focusses on the characterization of intra-cellular interactions between Dabie bandavirus (SFTSV) and one of its tick vectors, Rhipicephalus microplus. We aim to use system biology approach to describe how bunyavirus establish commensal infection within tick cells. We established a novel protocol to efficiently remove ribosomal RNAs from tick cell derived total RNAs, increasing the coverage and depth of our RNA sequencing. Strong of this new method we are comparing mock and SFTSV infected samples to unravel pro- and anti-viral factors/pathways in tick cells. Excitingly, our results demonstrate the essential arthropod genes required by SFTSV to initiate and establish infection in tick cell cultures.

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Séminaire 15/06/22 à 11h00

 Présenté  par Jacint Tökölyi

Sex & death in hydra

Résumé : 

The freshwater cnidarian hydra has unlimited regenaration capacities and is estimated to be able to survive for centuries without showing signs of senescence. Yet, one of the hydra species (Hydra oligactis) undergoes quick senescence following sexual reproduction wich consists of regenration loss, stem cell depletion and accelerated morttality. The aim of our research is to understand the ecological factors and physiological machanisms behind behind postreproductive senescence in H.oligactis, as well as it’s broader relationship with ohter physiological processes, such as tumor development.

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Séminaire 19/05/22 à 11h00

Présenté  par Justine Boutry

Host-tumor interaction in Hydra oligactis description of tumors in field derivated

Résumé : 

Les Since few decades, evolutionary biologist started to considor tumors as parasites interacting with their host. In this context, hydra oligactis (cnidarian) became a valuable biological model since reporting the first case of naturally occuring tumors in hydras (Domazet-Loso et al.2014). Two strains raised in the laboratory since several years started to developed spontaneous tumors.These tumors have the ability to be transmissible through asexual reproduction (i.ebudding) and one kind of tumor is associated with a shift in its microbiome (Rthje et al.2022). Following this perspective, we used this model to publish the first experimental proof of an impact of tumor formation on biotic intercations within ecosystems. However, even if these tumorous hydras are studied in an experimental context, the extent to which this phenomenon can be present in the natural environment remains to be determined. The purpose of the present work is to methodically describe different cases of individuals from filed derivate strains that present tumefaction. To compare their phenotypic manifestations, their histological features, and potential microbiome modifications with the tumors already described in laboratory strains. This study is crucial to understand how important or insignificant my PhD is.

Présenté  par  Hans Schrieke

The mosquito microbiome includes habitat-specific but rare symbiont

Résumé : 

Les changements globaux actuels favorisent la prolifération des moustiques qui constituent une menace pour la santé globale. Pour faire face à l’absence de vaccins et l’apparition de résistances aux insecticides, de nouvelles méthodes de biocontrôle ont émergé. Certaines reposent sur l’utilisation de bactéries endosymbiotiques (i.e. Wolbachia) qui jouent un rôle important dans les fonctions clés de leur hôte (développement, reproduction, nutrition, compétition avec d’éventuels pathogènes, etc.). Or le microbiote des moustiques est souvent dominé par un symbionte, ce qui rend difficile la détection de taxons rares mais potentiellement importants. La plupart des études de séquençage haut-débit utilisent des méthodes de clustering basées sur un seuil arbitraire d’homologie de 97 ou 98%, omettant ainsi la présence de variants très proches. Je vous présenterai nos résultats sur l’étude de la diversité des communautés bactériennes des moustiques. Nous avons amplifié la région V3-V4 du gène codant pour l’ARN ribosomique 16S (metabarcoding) et utilisé des approches supervisées (MED) et non-supervisées (Oligotyping) basées sur l’entropie de Shannon pour discriminer les séquences d’ADN. Cette étude nous a permis de mettre en évidence la présence de nouveaux variants bactériens chez différents taxons au sein d’un même individu. La plupart de ces variants sont très proches, ne différant parfois que d’un seul nucléotide, rares et spécifiques de certains habitats.

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 Séminaire 12/05/22 à 11h00

Présenté  par Adèle Mennerat

Histoire de vie, dispersion et appariement chez Lepeiophtheirus salmonis, un parasite soumis à de fortes pressions anthropiques e

Résumé : 

Les activités humaines changent l’environnement des parasites, non seulement directement via traitements et vaccins, mais aussi indirectement en modifiant la démographie des populations d’hôtes. Une activité majeure combinant ces deux types d’effets est l’élevage intensif moderne, caractérisé par le maintien de fortes densités d’hôtes et des traitements systématisés. Pour les parasites ceci représente un changement environnemental considérable, mais dont les conséquences évolutives sont encore peu explorées. Pour étudier la question nous utilisons comme modèle d’étude un parasite à transmission directe, le ‘pou’ du saumon. Dans ce séminaire, elle vous présentera le projet en cours, ainsi que les résultats récents concernant l’effet de la densité d’hôtes sur l’histoire de vie, l’appariement et la dispersion chez ce parasite. elle discutera enfin des traits des parasites qui peuvent être soumis à forte sélection anthropique, au-delà de la virulence et d e la résistance aux traitements.

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 Séminaire 05/05/22 à 11h00

Présenté  par Mircéa Sofonea

Real-time quantitative epidemiology & modeling of an emerging infectious disease – a French retrospective on SARS-CoV-2

Résumé : 

Les SARS-Cov-2 virus has spread over the world rapidity creating one of the largest pandemic ever. The absence of immunity, presymptomatic transmission, and the relatively high level of virulence of the COVID-19 infection led to a massive flow of patients in critical care units (CCU). This unprecedented situation called for rapid and accurate mathematical models to best inform public health policies. Here, we introduce an original discrete-time model- developped in March 2020 and gradually improved since – that combines the computational ans tractability of deterministic systems and the short-term accuracy of non-Markovian dynamics, taking into account the effect of age of infecion on the natural history of the disease. by analysing the hospital time series of COVID-19 in France, we were able to provide early estimates of the main epidemiological parameters with only limited publicly available data. Since the, the model provided an everyday robust framework used o nowcast the epidemic in France, investigate counterfactual scenarios of public health interventions and anticipate CCU overload, while gradualy updatinghospital care kinetics, variant of concern dynamics and vaccine rollout. The model translated into an online forecasting application and serveral published projections and support to decisison-making at both local and national scale. In the light of almost two years of the pandemic, we review the real-time improvement history of the model and its related communication and implications with health institutions, authorities and medias.

Ce séminaire sera précédé d’une minute verte présenté par MIVEGEC1point5.

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 Séminaire 21/04/22 à 11h00

Présenté  par Adèle Mennerat

Histoire de vie, dispersion et appariement chez Lepeiphtheirus salmonis, un parasite soumis à de forte pressions anthropiques

Résumé : 

Les activités humaines changent l’environnement des parasites, non seulement directement via traitements et vaccins, mais aussi indirectement en modifiant la démographie des populations hôtes.Une activité majeure combinant ces deux types d’effets est l’élevage intensif moderne, caractérisé par le maintien de fortes densités d’hôtes et des traitements systématisés. Pour les parasites ceci représente un changement environnemental considérable, mais dont les conséquences évolutives sont encore peu explorées. Pour étudier la question nous utilisons comme modèle d’étude un parasite à transmission directe, le ‘pou’ du saumon. Dans ce séminaire, je vous présenterai le projet en cours, ainsi que nos résultats récents concernant l’effet de la densité d’hôtes sur l’histoire de vie, l’appariement et la dispersion chez ce parasite. Je discuterai enfin des traits des parasites qui peuvent être soumis à forte sélection anthropique, au delà de la virulence et de la résistance aux traitements.

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     Séminaire 07/04/22 à 11h00

Présenté  par Ramsès Djidjou-Demasse

Mathematical models of Antimicrobial Resistance :from qualitative to quantitative resistance

Résumé : 

Antimicrobial efficacy is traditionally described by a single value, the minimal inhibitory concentration (MIC), which is the lowest concentration that prevents visible growth of the bacterial population. As a consequance, bacteria are classically qualitatively categorized as resistant if therapeutic concentrations are below MIC and susceptible otherwise. However, there is continuity in the space of the bacterial resistance levels. Here, we introduce a model of within-host evolutionof resistance under treatment thaht considers resistance as a continuous quantitative trait, describing the level of resistance of the bacterial population. The use of integro-differential equations allows to simultaneously track the dynamics of the bacterial population size and the evolution of its level of resistance.

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     Séminaire 24/03/22 à 11h00

Présenté  par Katherine Worsley-Tonks

Surveillance et contrôle de la rage canine dans les milieux ruraux du Kenya- Explorationde nouvelles approches pour l’éliminationdans les communautés pastorales

Résumé : 

Chaque année la rage tue plus de 59 000personnes dans le monde, dont 99% des décés humains en Afrique et en Asie sont suites à des morsures de chiens enragés. L’Organisation mondiale de la santé et ses partenaires se sont fixés l’objectif de mettre fin aux décés dus à la rage canine d’ici 2030.  Un tel objectif s’est traduit par une augmentation des effaorts de vaccination contre la rage canine à travers le monde. Cependant, la couverture vaccinale de 70% nécessaire pour contrôler la rage chez les chiens domestiques peut être difficile à atteindre dans le spays à revenu faible ou intermédiaire (PRFI), en particulier dans les zones rurales difficiles d’accès et aux ressources limitées. De plus, bien que les efforts de vaccination aient augmenté, les efforts de contrôle et de surveillance restent insuffisants dans de nombreux PRFI, en particulier dans les zones reculées et rurales. Dans le cadres de ce séminaire, je présenterai mes recherches en cours sur la rage visant à optimiser les efforts de contrôle et de surveillance dans la région de Laikipia au centre du Kenya, où prédominent les communautés pastorales et agro-pastorales. Le séminaire sera donc divisé en deux parties- une première abordant le potentiel de vaccination ciblée dans les populations rurales de chiens domestiques, et l’autre explorant de nouvelles approches pour améliorer la surveillance de la rage dans les zones rurales, comme l’utilisation de la surveillance syndromique par téléphone portable.

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     Séminaire 17/03/22 à 11h00

Présenté  par Romain Duda

Interactions humains-animaux et maladies émergentes : Perspective anthropologique

Résumé : 

Comprendre les zoonoses nécessite de s’intéresser aux contextes écologiques et culturels dans lesquelles elles émergent et donc aux interactions humains-animaux, fréquemment évoquées comme facteur d’émergence de maladies. Les sciences sociales ont un rôle essentiel à jouer dans l’étude de ces interactions et de la santé des communautés « multi-espèces ». D’un côté, l’anthropologie médicale étudie l’expérience des populations humaines face à la maladie, en analysant des récits qui échappent souvent aux données issues d’enquêtes épidémiologiques. Elle permet de mettre en lumière les écarts existants entre les étiologies scientifiques et populaires et ainsi d’initier des dialogues entre différentes formes de savoirs. L’anthropologie environnementale, quant à elle, intègre dans son analyse les rapports aux animaux et à l’environnement afin de mieux comprendre la convergence des processus menant aux émergences zoonotiques de maladies et à leur propagation dans des contextes sociaux définis.

L’intervention reviendra sur les différentes contributions des sciences sociales à l’étude des maladies émergentes, puis prendra appui sur un terrain de recherche en République démocratique du Congo où l’anthropologie est mobilisée pour examiner l’interface humain-animal. Dans ce projet (MICROTONE, Institut Pasteur) des méthodes d’écologie animale et de métagénomique sont couplées à une collecte de données participatives pour rendre compte des types et des fréquences de contacts. Dans cette entreprise, l’approche anthropologique est centrale pour comprendre la diversité de ces modes d’engagement et pour comprendre les facteurs facilitant ou empêchant d’éventuels flux viraux et microbiens entre humains et animaux. Elle montre ainsi qu’elle complémentaire aux approches écologiques et épidémiologiques pour étudier les émergences de maladies zoonotiques.

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     Séminaire 17/02/22 à 11h00

Présenté  par Josquin Daron

The evolutionary history of Anophelees coluzzi in Gabon: Local adaptationin the face of strong gene flow

Résumé : 

From a population genetic perspective, local adaptation in spatially heterogeneous environments results from the balance between genetic drift, local selection, mutation, and migration. Here, we study the interplay among these different evolutionary forces and the population demographic history in Anophele coluzzii along an ecological gradient marked by different levels of anthropization. In Africa, mosquitoes of the An. gambiae complex are the main vector of malaria parasite transmission, causing ~445,000 deaths each year, especially among children under the age of 5. In order to achieve complete elimination of malaria, it is critical to understand the remarkable ability of Anopheles mosquitoes to adapt to new environments, which allow them to be present almost everywhere in sub-Saharan Africa. We first sequenced the whole genome of 96 individuals inhabiting three distinct habitats in Gabon including the wild savanna/forest and a rural village in the La Lope National park, and the nearby major city of Libreville. We identified 5.7 millions of single nucleotide polymorphism across the genome. Using population genomic approaches, we investigated the population structure, connectivity, and demographic history of these individuals to then characterize signature of natural selection possibly involved in their adaptation to each of these distinct environments. We found evidence of distinctive signals of selection across the genome between these populations, suggesting that local adaptation is occurring in these populations, despite their close geographic proximity and high connectivity. Therefore, even if theory predicts that local adaptation is difficult in presence of high homogenizing effect of gene flow, the present study highlights a certain number of conditions permitting it

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     Séminaire 20/01/22 à 11h00

Présenté  par Priscille Barreaux

Impact of insecticide resistance on the efficacy of malaria vector control

Résumé : 

Standard WHO insecticide resistance monitoring assays are designed for resistance surveillance and do not necessarily provide insight into how different frequencies, mechanisms or intensities of resistance affect insecticidal nets (ITNs) efficacy. Besides, WHO assays leave out the most important parameters for malaria transmission: longevity, blood feeding success and biting rate. Since these parameters affect the ability of mosquitoes to transmit malaria, they should be an integral part of ITNs evaluation. We assessed the efficacy of different ITNs with field-derived Anopheles gambiae s.l. mosquitoes exhibiting moderate to extremely high pyrethroid resistance. First, we quantified the impact of multiple ITN exposures in varying environmental conditions (e.g. net quality, host availability, larval diets, etc.) on the ability to survive several gonotrophic cycles and we explored further the mediating effect of taking one or more blood meals. The presence of an ITN immediately reduces host searching and blood feeding in short distance assays and surviving mosquitoes do not necessarily go through additional gonotrophic cycles, either because they die before the next one, or because of a lower ability to take blood meals later in life. In addition, contact irritancy induced by insecticide exposure delays the start of blood-feeding, reduces bloodmeal duration and blood volume. Finally, our age-dependent mathematical model suggests ITNs reduce the vectorial capacity of the malaria vector despite insecticide resistance. This underlines the urgency of finding new standardized methods for insecticide resistance monitoring to improve our understanding of the consequence of resistance on malaria transmission and control.

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     Séminaire 06/01/22 à 11h00

Présenté  par  Yvon Sterckers

State of the arte of molecular and cellular biology to study the core cellular processes of the divergent eukaryote

Résumé : 

In the last three decades, our group has been working on the genetics of Leishmania, a flagellated protozoan parasite responsible for a large spectrum of disease. We have been pioneers in the subject since 1989, by producing restriction maps of whole Leishmania chromosomes (Blaineau et al.Mol.Biochem. Parasitol. 1991); showing the plasticity of the subtelomeric chromosomal regions; establishing the first molecular karyotypes for12 Leishmania species (reviewed in Bastienet al. Parasitol today. 1992, and Ravel et al.1998); and by establishing mosaic aneuploidy as a constitutive feature widespread in the Leishmania genus (Sterkers et al. Cell. Microbiol.2011, Sterkers et al. Mol.Microbiol.2012, Lachaud et al.Microbes Infect.2013 and reviewed in sterkerset al. Trends Parasitol.2014) Working on divergent eukaryotes often need to coin and to adapt technics to the specificity of these models, in that sense, we have implemented FISH, ChiP-seq, DNA Combing, CRISPR-Cas9 and inducible CRISPR-Cas9-diCRE systems in Leishmania (Sterkers et al.Cell. Microbiol.2011, Garcia-Silva et al. EMBO rep 2017, Stanojcic et al. Sci Rep 2016, Sollelis et al.Cell. Microbiol.2015, Yagoubat et al.Cell. Microbiol.2020, respectively). The presentation will cover our latest findings on the cell cycle, i.e., DNA replication and chromosome segragation, as well as proliferation in sand flies and pathogenicity in mice ( Corrales et al. PLoS Pathogens 2021) , with a focus on technological developments.

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     Séminaire 16/12/21 à 11h00

Présenté  par  Célia Dechavanne

Immunité de l’enfant face au paludisme – Impact de l’infection maternelle à Plasmodium falciparum

Résumé : 

Les enfants nés de mères infectées par Plasmodium falciparum pendant leur grossesse sont plus susceptibles de développer des infections pendant leur enfance. Mes travaux de recherche visent à comprendre pourquoi et comment la réponse immunitaire de ces enfants se met en place. Pour ce faire, plusieurs études sont conduites en cherchant à décortiquer chaque étape de la vie du jeune enfant, à savoir:

– à la naissance où le rôle des anticorps maternels transmis à l’enfant est étudié;

– entre 0 et 6 mois: où la mise en place des réponses cellulaire et anticorps propre à l’enfant est évaluée;

– et après 6 mois de vie, lorsque l’effet des anticorps maternels n’est plus majoritaire, les réponses anticorps et cellulaire de l’enfant sont étudiées.

Ces différentes thématiques visent d’une part à comprendre les mécanismes immunitaires responsable de cette plus grande susceptibilité aux infections et d’autre part à contribuer à la mise en place d’outils de diagnostic et vaccinal.

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  Séminaire 09/12/21 à 11h00

Présenté  par  Mathieu Cayla

Signalling pathways regulating cellular differentiotion and survival in kinetoplastid parasites 

Résumé : 

 How do kinetoplastid parasites signal and regulate differentiation processes to adapt to the different hosts they encounter? This question has been at the centre of the research I have participated in during my career. Here I present an overview of the results we have obtained and introduce the project I intend to develop as an independent researcher.

 I did my PhD at the Pasteur Institute, under the direction of Dr. Gerald Späth, where I focussed on the functional characterisation of the Leishmania MAP kinase 10 (MPK10), during promastigote to amastigote differentiation. Using a combination of genetic approaches such as plasmid-shuffle, over-expression, knock-out with biochemistry approaches such as 2D-DIGE, phosphoproteomics and kinase- and FACS-based assays, we revealed unique regulatory mechanisms of the kinase. We proposed MPK10 acts as a unique parasite signal sensor of the mammalian host environment. MPK10 is present in a pre-active conformation that is auto-inhibited by its C-terminal domain in the promastigote stage. During the differentiation to amastigotes, the inhibition is lifted by dynamic (de-)phosphorylation rendering the kinase active and, thus enabling the differentiation from promastigote to amastigote.

 I then joined the unit of Keith Matthews in Edinburgh with a Marie Curie Fellowship to conduct a study on the involvement of a DYRK kinase (TbDYRK) in the quorum-sensing response of Trypanosoma brucei. We performed a comprehensive analysis of its expression, activity, function, kinase targets and interactions with functional follow-up. This pipeline enabled us to identify key residues for the kinase regulation and residues evolutionarily divergent for the function of TbDYRK, compared to the ones classically found in this kinase family in other organisms. By performing complementary phosphoproteomic analysis followed by genetic screens, we also identified the molecular pathways in which TbDYRK is implicated. We revealed that TbDYRK inhibits ‘slender retainer’ proteins, such as the negative regulator of transcription NOT5, and activates ‘stumpy promoter’ molecules, such as the zinc finger ZC3H20 protein, by phosphorylation, to drive the quorum-sensing differentiation.

We are currently investigating the regulation by phosphorylation and the role of stress granules (SGs) for T. brucei quorum-sensing differentiation. The formation of stress granules occurs through liquid-liquid phase separation of the proteins, that is facilitated by the presence of low complexity regions (LCRs). Hence, during the lockdown imposed by the current COVID outbreak I initiated and led a bioinformatic project, aiming to identify LCRs in the proteome of T. brucei. We were able to determine an enrichment of LCRs in  the extremities of proteins and particularly on the C-terminal regions for proteins involved in nucleic acid binding. We then linked the regulation of these regions to post-translational modifications and observed that phosphorylations are strongly enriched in LCRs. Finally, by endogenously tagging components of SGs we are observing that the formation of SGs is linked to quorum-sensing dependent differentiation in T. brucei.

The quorum-sensing response of T. brucei occurs through the sensing of oligopeptides generated by the paracrine secretion of peptidases in the extracellular environment by the parasite. I am hypothesising that the secretion of such enzymes occurs through the ER-independent lysosome exocytosis pathway. This pathway remains poorly understood in eukaryotes and depends on the autophagy machinery. In the project I would like to develop, I aim to disentangle processes underpinning the regulation of autophagy and lysosome exocytosis in T. brucei to control their cellular differentiation and host adaptation. I have obtained preliminary results confirming the tight regulation of autophagy and lysosomal exocytosis during the quorum-sensing-dependant differentiation of mammalian-infective T. brucei. Therefore, by demonstrating how phosphorylation controls autophagy, exocytosis and differentiation, this project will significantly enhance our understanding of how trypanosome parasites adapt to and persist in vivo. Not only will this improve the understanding of this important group of parasites but, where core components are conserved, this project will also provide key information for other eukaryotes

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 Séminaire 25/11/21 à 11h00

Présenté  par  Alexander KLIMOVICH, est Fasciné par l’évolution de la complexité animale, il travaille au Zoological Institute and Museum du Max plank institute à l’université de Kiel en Allemagne. Ses contributions à la biologie du développement évolutif incluent la première démonstration de la formation de tumeurs chez les métazoaires basaux, la découverte que la non-sénescence d’Hydra est inhérente à sa structure d’enveloppe nucléaire robuste et la recherche de l’origine des neurones du stimulateur cardiaque. Ses recherches actuelles portent sur l’évolution du système nerveux et le rôle des gènes taxonomiquement restreints dans l’émergence des types cellulaires et les adaptations.

Evolution de la tumorigenesis chez les hydres brunes

Résumé : 

Alexander et ses collaborateurs ont étudiés les mécanismes cellulaires et moléculaires qui conduisent à la tumorigenèse chez le polype d’eau douce Hydra oligactis. actuellement, l’hypothèse retenue est celle de relations causales entre le microbiote altéré associé et l’excroissance tissulaire chez Hydra. Ces résultats peuvent fournir des informations approfondies sue le rôle du microbiote, ainsi que d’autres facteurs environnementaux, dans le maintien de l’homéostasie tissulaire normale via un ajustement approprié de l’activité des cellules souches.

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 Séminaire 18/11/21 à 11h00

Présenté  par  Denis Bourguet et Thomas Guillemaud chercheurs INRAE.  Ils ont co-fondé Peer Community In en 2017 avec Benoit Facon.

Peer Community In : A free alternative to evaluate, validate (and publish?) prepints

Résumé : 

The Peer Community In (PCI,https://peercommunityin.org) project offers an alternative to the current system of publication – which is particularly expensive and not transparent. PCI is a non-profit scientific organization building communities of researchers handling the evaluation (through peer-review) and recommendiation of preprints in their scientific field. Each PCI is a group of several hundred recommenders playing the role of editors who recommend preprints based on peer-reviews to make them complete, reliable and citable articles, without the need for publication in ‘traditional’ journals (although the authors can submit their recommended preprints afterwards). Evaluations and recommendations by a PCI are free of charge. When a recommender decides to recommend a preprint, they write a recommendation text that is published along with all the editorial correspondence (reviews, recommender’s decisions, authors’ replies) on the PCI website. The preprint itself is not published by PCI: it remains on the preprint server where it has been posted by the authors and can therefore be submitted to a journal or published in the all new “Peer Community Journal”, an open access diamond journal launched this fall. The first Peer Community In was started in 2017: Peer Community in Evolutionary Biology (PCI Evol Biol) and there are now 13 functioning PCIs, including PCI Infections, PCI Ecology and PCI Zoology. More than 1200 scientists from around the world have already joined as PCI recommanders. The PCI initiative won the 2020 LIBER award for library innovation of the European League of Research Libraries.

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 Séminaire 21/10/21 à 11h00

Présenté  par  Olivier Dangles directeur de recherche en Écologie et Directeur adjoint délégué à la science de l’IRD

Science de la durabilité : quels défis pour les recherches en santé ?

Résumé : 

Officiellement apparue comme un domaine de recherche à part entière au début du 21ème siècle, la science de la durabilité s’intéresse aux interconnexions complexes entre les systèmes naturels, sociaux et techniques, et à la manière dont ces interactions affectent, dans le temps et l’espace, les systèmes de maintien de la vie sur la  planète et le bien-être humain. In fine cette science ambitionne de proposer des solutions durables aux grands défis mondiaux, ce qui nécessite le plus souvent des approches co-construites et multi-acteurs. Cette science aux interfaces disciplinaires est désormais omniprésente dans l’écosystème du chercheur: les plus grands journaux scientifiques comme Nature, Science ou PNAS lui donnent une place croissante, de nouvelles revues dédiées à ces approches voient le jour, les universités créent des centres interdisciplinaires et adaptent leurs cursus de formation, les appels à projets des programmes internationaux incorporent les mots clés méthodologiques liés à la “durabilité”. Dans ce contexte très dynamique, quelles sont les défis pour les sciences de la santé ? 

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Séminaire 07/10/21 à 11h00

Présenté par  Michelle Evans

An integrative approach to mapping mosquitoes in cities

Résumé : 

Mosquito-borne diseases pose an increasing threat around the world, particularly in urban centers. However, the burden of disease in cities is not evenly or randomly distributed, and is a result of spatial patterns in socio-ecological drivers of mosquito-borne disease. Understanding the drivers of spatial patterns of mosquito-borne disease in cities allows us to identify potential hotspots of disease, and target these hotspots for vector control and other public health interventions. In this seminar, I will present two projects that aim to better understand the spatial pattern of disease in cities by focusing on interactions between the mosquito vector, the human host, and the pathogen. The first project explores carry-over effects on vector competence and transmission potential resulting from variation in larval microclimate across an urban gradient. The second project introduces a mixed methods approach that integrates semi-structured interviews and entomological surveys to explore drivers of human exposure to mosquitoes. Together, this work suggests that mosquito-borne disease risk in cities is not adequately explained by simple “count” data, and we should consider mosquito ecology and social systems in our exploration of urban hotspots of disease.

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Séminaire 30/09/21 à 15h00

Présenté par Benjamin Roche et David Roiz

The international lab ELDORADO: (E)cosystem,bio(L)ogical(D)iversity, habitat m(O)difications, and (R)isk of emerging P(A)thogens and (D)iseases in Mexic(O). How ti link biodiversity and emerging diseases?

Résumé : 

Health and human well-being are recognized by the United Nations as a fundamental right. However, it is increasingly recognized that growing pressures on our environment threaten the current and future health of humans through a gradual degradation of health-benefiting ecosystem services that can contribute to human well-being. To this extent, deforestation may result in the loss of ecosystem and biodiversity services such as carbon sinks, leading to increased climate change risk, and major changes in animal communities that may have implications for an increase of Emerging Infectious Diseases (EIDs) transmission potential greatly impacting vulnerable populations. Today, the World Health Organization (WHO) estimates that 23% of global deaths are related to unhealthy environments.

Despite these critical links, health, environment, social sciences and economic scientific communities have typically worked in isolated silos, with little coordination. Moreover, the demonstrated link between reduction of vertebrate biodiversity and transmission increase of zoonotic pathogens clearly calls for investigating the possibility to use biodiversity conservation strategies as a public health opportunity. However, to be resilient and sustainable, such win-win strategy has also to consider that natural resources consumption is strongly linked with local economic growth, which is also reciprocally impacted by exposure to zoonotic pathogens. Understanding this whole complex system could allow designing intriguing and innovative strategies respecting population health, economic development and biodiversity conservation.

To this extent, Mexico has an extraordinarily important role to play. This emerging economy clearly suffers from ecosystem alteration (as agriculture, urbanisation and deforestation) and pathogen spreading (H1N1 flu pandemics, Zika, dengue and many others). Nevertheless, this country has the capacity and willingness to implement scientifically-based solutions on the field thanks to much respected institutions such as the federal university (UNAM) and the public health agency (INSP). Moreover, his example can disseminate throughout the whole region, and especially to the countries with the highest poverty rates (such as Guatemala and Haiti).

The proposed international laboratory (LMI) ELDORADO, which is based in Mexico and Mérida City and working in the Yucatan peninsula, aims gathering a multidisciplinary and international group of scientists proposing a novel and integrated research strategy to address this lack through four main objectives: (i) improving our knowledge on the relationship between ecosystem alteration, human behavior and risk of emerging zoonotic infections, (ii) providing scientifically-based and integrative strategies for public health and environmental authorities combining human health, biodiversity conservation and economic growth through a format of sustainable development toolkit, (iii) setting up a strong regional capacity building strategy to make Mexico a regional and world leader on these issues through the collaboration with the IRD and (iv) initiating the creation of a new center on the UNAM campus in Merida focusing on fundamental and translational research of sustainable sciences. Here, we will present the advances and perspectives of this international lab together with other synergic projects.

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Séminaire 16/09/21 à 11h00

Présenté par Julien Pompon

Dengue virus infection modifies mosquito blood-feeding behavior to increase transmission 

Résumé : 

Mosquito blood-feeding behavior is a key determinant of the epidemiology of dengue virsuses (DENV), the most prevalent mosquito-borne viruses. However, despite its importance, the influence of DENV infection on mosquito blood-feeding behavior and how this alters transmission capacity remain unclear. Here, were developed a high-resolution video-based assays to generate high-throughput unbiased statistically-analyzable behavioral data of Aedes aegypti mosquito blood-feeding on mice. We then applied multivariate analysis to ordinate behavioral parameters into complex behaviors. We showed that DENV infection increased mosquito attraction to jost and hondered biting efficiency, the latter resulting in infected mosquitoes biting more ti reach similar blood repletion as uninfected mosquitoes. To test how the alteration on biting behavior influences transmission, we established an in vivo transmission model with immuno-competent mice and demonstrated that successive bites within a short period of time all resulted in transmission. Finally, we integrated the behavioral data within a mathematical model to determine how DENV-induced alterations in host-seeking and biting influence epidemiology. We calculated nearly a doubling of the number of infected hosts per infected modulates mosquiti blood-feeding beahvior to increase vector capacity, proportionally aggraving DENV epidemilogy. The influence of DENV infatcion on mosquito will inform epidemiological modeling to tailor interventions.

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Séminaire 09/09/21 à 11h00

Présenté par Chiara Vanalli

Disentangling the triangle of host-parasite-environment: The impacts of climate change on infections

Résumé : 

The success of any parasitic infection requires the interaction of a susceptible host, a virulent pathogen, and an environment favorable for the disease development. The host, the pathogen and the environment form one interconnected triangular system, the so-called ‘disease triangle’. Climate change, i.e. a significant variation of abiotic environmental conditions due to increased atmospheric concentration of greenhouse gasses, could greatly alter the triangular equilibrium of infections. Direct and indirect climatic effects on the pathogens and their hosts have already been detected, such as shifts in spatial pathogen distribution and severity of disease outbreaks. Therefore, a deeper and comprehensive understanding of how climate change is going to impact present and future infections is fundamental to properly design and implement control strategies.

Here, I present studies on two independent study systems, a fungal pathogen of peaches in France and two gastrointestinal helminths of European rabbits in the UK, and examine the impacts of climate change using the respective ‘disease triangle’ approach. For both study systems, i) we assessed the climatic dependency of each parasite species using available laboratory experiments, performed under controlled climatic conditions; ii) we simulated the observed infection time-series in the field, implementing the estimated climatic functions; iii) we predicted future infection trends under the ‘Business as usual’ climate change scenario, the Representative Concentration Pathway 8.5, which assumes no global effort in reducing future greenhouse gasses emissions.

For the French peach production, we found that climate change is expected to shift towards north-west the suitable areas for peach cultivation and to decrease brown rot infection risk, due to future drier and warmer conditions. For the gastrointestinal parasites of rabbits in the UK, our findings show that responses to climatic conditions are parasite specific. Furthermore, the host properties, e.g. breeding phenology, presence of coinfections and immune regulation, can interact with the expected variations of the parasite dynamics due to climate change. Overall, climate change impacts cannot be generalized but often are site dependent and locally variable. My two studies stress the importance to consider the host-parasite-environment triangle when examining the factors that affect disease dynamics and forecasting future infection outbreaks and disease spread.

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 Séminaire 02/09/21 à 11h00

Présenté par Antoine Claessens

How does Plasmodium falciparum establish a chronic asymptomatic infection ?

Résumé : 

The vast majority of all Plasmodium falciparum infections worldwide are asymptomatic and can persist for months. The malaria parasite would evade the host immune system thanks to antigenic variation, the recurrent change of VAR/PfEMP1 antigens at the surface of the infected red blood cell. We aim to test this hypothesis with human blood samples from a Controlled Human Malaria Infection study, and from a cohort of chronic infections in The Gambia. qRT-PCR results indicate a much faster var switching rate than previous measured in vitro, while preliminary RNAseq data identify some var genes persisting over multiple months. We argue that asymptomatic infection is the parasite’s best asset for survival but it can be exploited if studied as a new model for host–pathogen–vector interactions.

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 Séminaire 01/07/21 à 11h00

Présenté par Mathilde Jaquet et Thibaut Langlois

Identification des mécanismes impliqués dans la chronicité musculaire du virus Chikungunya

Résumé : Présentation Mathilde Jaquet

Les modifications de notre environnement ont entraîné l’émergence ou la réémergence d’agents pathogènes pour l’Homme comme le virus Chikungunya (CHIKV), un arbovirus de la famille des Togaviridae. Ce virus a provoqué récemment des épidémies majeures en Afrique, en Asie, dans l’océan Indien, dans les Caraïbes et les Amériques affectant des millions de personnes. L’adaptation du virus à Aedes albopictus (moustique Tigre), qui se développe dans les régions tempérées, a conduit à l’apparition de plusieurs cas en Italie (dès 2007) et dans le sud de la France depuis 2014 (Montpellier) et récemment (Août 2017) dans le Var, laissant craindre des épidémies dans le sud de l’Europe. Du fait de l’expansion mondiale d’Aedes albopictus, CHIKV pourrait être responsable d’une pandémie.
La pathologie causée par le CHIKV (CHIKV disease, CHIKVD) peut présenter 2 phases: une phase aiguë comportant des symptômes peu spécifiques (fièvre, myalgies, arthralgies, céphalées) et une phase chronique (atteintes musculo-squelettiques). Le pourcentage de patients qui progressent dans la phase chronique est important et varie de 40 à 80%. Dans les formes chroniques, les manifestations cliniques se maintiennent pendant plusieurs mois voire des années sous forme d’atteintes musculo-squelettiques importantes avec des périodes prolongées d’invalidité. Cette chronicité entraîne des coûts importants du fait de la prise en charge des symptômes. L’infection par le CHIKV constitue donc un problème majeur de santé publique qu’il convient d’investiguer plus en profondeur.
Des études chez l’homme et chez l’animal ont permis de montrer que les muscles squelettiques (MS) étaient infectés par le CHIKV et que les cellules musculaires étaient permissives au CHIKV. Récemment, il a été montré que l’infection du MS par CHIKV était centrale au développement de la pathologie CHIKVD. Ces résultats montrent que le MS joue un rôle essentiel dans la pathogénicité du CHIKV et pourrait servir de réservoir viral. Néanmoins, les mécanismes impliqués dans l’infection du MS et le développement de la chronicité sont mal identifiés. Lors de mon stage, nous avons identifié certains de ces mécanismes. D’autre part, une différence de permissivité des cellules musculaires a été observée avec le virus de la Dengue (DENV), un autre arbovirus appartenant à une autre famille virale (Flaviviridae). Nous avons donc étudié la capacité des cellules musculaires à servir de réservoir à d’autres arbovirus de la famille du CHIKV (Togaviridae) comme le virus Mayaro (MAYV) ou à d’autres arbovirus émergents, tel que virus Zika (ZIKV), appartenant à une autre famille (Flaviviridae).

Évaluation du risque de maintien de la fièvre aphteuse au sein de sa communauté d’espèces hôtes sauvages, dans le Parc National de Hwange au Zimbabwe

Résumé : Présentation Thibaut Langlois

Le risque de transmission d’un pathogène entre ces différents hôtes animaux dépend de nombreux facteurs écologiques et épidémiologiques. Il est alors nécessaire de développer des méthodes qui permettent de synthétiser l’information pour évaluer de manière simple et efficace les taux de transmission, et ainsi pouvoir apporter des réponses concrètes en terme de gestions des maladies aux interfaces faune/bétail. En adoptant une approche modélisatrice, nous avons ainsi cartographié le risque de maintien du virus de la fièvre aphteuse au sein de sa communauté d’hôtes sauvages, dans le Parc National de Hwange au Zimbabwe, en nous basant sur des méthodes de collecte et d’analyse de données, à la fois non-invasives et peu coûteuse.

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 Séminaire 17/06/21 à 11h00

Présenté par Margaux Lefebvre et Côme Morel

Adaptation de Plasmodium falciparum, agent de la malaria, en Amérique du Sud

Résumé : Présentation Margaux Lefebvre

Nous avons examiné l’origine et l’adaptation de Plasmodium falciparum, agent le plus virulent du paludisme chez l’humain, en Amérique du Sud. Selon les études précédentes, P.falciparum aurait été introduit en Amérique du Sud à partir de l’Afrique au moment de la traite transatlantique qui s’est étalée du XVème au XIXème siècle. Au cours de son introduction, P. falciparum a dû s’adapter à de nouvelles conditions environnementales, en particulier de nouvelles populations humaines mais aussi de nouvelles espèces de moustiques. Quels gènes ont joué un rôle dans cette adaptation ? Pour répondre à cette question, nous avons analysé des génomes nucléaires provenant de 1 095 isolats, répartis sur quatre continents (Afrique, Asie, Amérique du Sud et Océanie). Grâce à l’analyse du polymorphisme sur l’ensemble du génome, nous avons tout d’abord analysé la structuration génétique du parasite en Amérique et au niveau mondial. Nous avons ainsi pu confirmer que les populations sud-américaines sont originaires d’Afrique avec au moins deux introductions indépendantes. Nous avons par ailleurs cherché des traces de sélection positive le long du génome des populations du Nouveau Monde en utilisant des statistiques telles que l’iHS, XP-EHH et le FST. Nous avons détecté des signaux de sélection positive à différents endroits du génome, sur des gènes aussi bien exprimés par des stades du parasite se développant chez l’humain que chez le moustique. Parmi ces gènes, plusieurs jouent des rôles dans l’interaction avec les cellules hôtes ou sont impliqués dans l’évitement de la réponse immunitaire des hôtes. Nos résultats portent aussi sur des gènes de résistance au traitement contre la malaria. Nous discutons des limites des méthodes que nous avons utilisées pour détecter les évènements de sélection positive.

Impact de la préférence d’usage en codon d’un gène hétérologue sur le transcriptome, le protéome et l’efficacité de traduction

Résumé : Présentation Côme Morel

Il existe dans la nature une préférence pour certains codons synonymes qui va varier entre les espèces et entre les gènes au sein des génomes. Cette préférence, appelée biais d’usage des codons, est connue pour impacter l’expression génique et le fonctionnement cellulaire. L’altération de l’usage des codons d’un gène peut amener à l’altération de son propre niveau d’expression mais également aux niveaux d’expressions des autres gènes qui partagent la même machinerie de traduction. Bon nombre d’études se sont ainsi intéressées aux effets du biais d’usage en codons aux niveaux moléculaires et cellulaires chez des organismes procaryotes, mais moins se sont attardées sur ce qu’il se passait de manière globale chez l’humain. Dans cette étude nous nous sommes intéressés à l’impact de la préférence d’usage des codons de gènes hétérologues sur le transcriptome, le protéome ainsi que sur l’efficacité de la traduction chez des cellules humaines grâce à des données obtenues par une manipulation d’évolution expérimentale. Nous avons pu montrer que le facteur temporel semblait avoir le plus d’impact sur l’expression des gènes de l’hôte (plus que la version synonyme du gène hétérologue inséré ou que le régime de sélection dans lesquels les cellules ont évolué) et que le changement dans l’efficacité de traduction de certains codons semble covarier avec l’expression des aminoacyl ARNt synthétases, des protéines impliquées dans la charge des ARNt permettant la traduction.

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 Séminaire 10/06/21 à 11h30

Présenté par  Lola Estabes

 Invasions biologiques et trasmission de maldies infectieuses : études de l’intercation entre un mollusque d’eau douce (Austropeplea viridis)  le parasite Fasciola hepatica

Résumé :

L’introduction d’une espèce dans un nouvel écosystème peut avoir des conséquences en terme de propagation ou de maintien de certaines maladies infectieuses. La fasciolose une maladie causée par le parasite trématode Fasciola hepatica et est largement distribuée dans le monde. La distribution de la maladie est fortement corrélée à la présence d’hôte intermédiaire ; principalement des mollusques d’eau douce de la famille des Lymnaeidae. Une espèce de limnée; Austropeuplea viridis, a été récemment (2017) décrite en Espagne au niveau du Delta de l’Ebre. Ainsi, l’objectif de l’étude est de qualifier l’éventuelle susceptibilité du mollusque face au parasite présent sur le territoire et d’évaluer les impacts potentiels du parasite sur certains traits d’histoire de vie de son hôte (survie, croissance et fécondité).  Enfin des analyses génétiques ont été mises en place sur le parasite.

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 Séminaire 03/06/21 à 11h00

Présenté par  Victor Lopez Del Amo 

TCRISP gene-drive technologies for population engineering to fight vector-borne diseases

Résumé :

CRISPR gene-drive systems have tremendous potential for wild population engineering due to their ability to self-propagate, biasing inheritance from Mendelian (50%) to super-Mendelian (>50%). This allows for the spread of beneficial traits (e.g., anti-malaria effector genes) into a community and offers a promising genetic population-engineering tool for combating vector-borne diseases, managing crop pests and supporting island conservation efforts.

While the scientific community welcomes these technologies for their enormous potential of fighting significant global issues, it also acknowledges the lack of gene drive strategies that could increase safety during optimization phases in the laboratory. Here, I will describe two new methods that I developed using Drosophila melanogaster.

First, I described the first gene-drive system controlled by an engineered Cas9 and a synthetic, orally available small molecule in Drosophila. This approach allows for fine-tuning the inheritance probability (50%-100%) of the gene-drive element providing an additional layer of safety for gene-drive containment.

Second, I developed a novel trans-complementing gene drive system where Cas9 and gRNA elements are placed in two different transgenic lines that exhibit the same properties of a full gene drive when only combined by a genetic cross.

Lastly, I will discuss other concerns around CRISPR gene drive applications while providing new solutions towards next-generation gene drive development in Anopheles stephensi mosquitoes.

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L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr

 Séminaire 27/05/21 à 11h00

Présenté par Andres Garchitorena 

The Ecology of health care delivery: insignts for local disease control

Résumé :

Health care delivery systems remain the central platform for the prevention, diagnosis and treatment of most diseases. Yet they are complex systems; their ability to reach populations depends on an array of linear and non-linear effects of geography, climate, poverty and health system factors that are still poorly studied. As a result, half of the world’s population still lacks access to essential health services despite an ever increasing knowledge on the main causes of morbidity (e.g. infectious diseases) and the solutions to address them. To optimise local disease control, systems-based approaches akin to those used in disease ecology need be adapted to the study of health systems.

I will present my work in Madagascar with the NGO PIVOT, where we combine patient geographic data from a whole district health system (community health workers, health centers, and hospital), a representative longitudinal cohort of 8,000 people, and a variety of environmental information to identify drivers of the spatio-temporal dynamics of health care access in rural Madagascar. Besides providing insights into the best ways to deliver health interventions, we use this systems-based approach to improve the study of infectious disease transmission at the local level with the ultimate goal of optimising disease control through rapid feedbacks between research and implementation.

More generally, we show how a model system in global health – based on dynamic integration of data at multiple levels of the health system and its surrounding environment – combined with research methods rooted in disease ecology can address fundamental questions on some of the most challenging global health issues.

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 PhDays: 6 & 7 Mai par et pour les doctorants des UMR MIVEGEC, DIADE et PHIM

Site de l’évènement / Website : https://pazuqs2j45wdvespdzp2sa-on.drv.tw/PhDays_2021_website/fr/accueil.html

Mail de l’évènement : phddays2021@gmail.com

Résumé :

Cette édition est organisée par les doctorants de première année des UMR MIVEGEC, DIADE, et PHIM. Chaque doctorant de ces UMRs est invité à réaliser une présentation autour de sa thèse (sujet, résultats, …).

Toute personne est la bienvenue dans le public (lien visio à venir)

L’objectif des PhDays est de promouvoir la richesse des travaux effectués dans nos diverses unités, et de permettre aux doctorants d’avoir une première expérience de présentation dans des conditions agréables. Qui sait, des cadeaux seront peut-être à gagner pour les plus convaincants, les plus belles présentations, les orateurs les plus originaux …

The Ph’Days 2021 organization comitee :

Ludivine GUIGARD ludivine.guigard@ird.fr  PHIM
Clarice MOULIN clarice.moulin@ird.fr  MIVEGEC
Ines OUEDRAOGO ines.ouedraogo@ird.fr  DIADE
Basak UYSAL basak.uysal@ird.fr  MIVEGEC

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 Séminaire 29/04/21 à 11h00

Serge Morand , actuellement directeur de recherche au CNRS (ISEM) et chercheur associé au CIRAD(ASTRE). Il est basé en Thaïlande à la faculté de technologie vétérinaire de l’université Kasertsart, et il est également professeur invité à l afaculté de médecine tropicale de l’université Mahidolen , présentera un séminaire intitulé

Ecologie de la transmission : articuler le local au global

Résumé :

L’augmentation des émergences et des épidémies de maladies infectieuses affectant les humains, mais aussi les animaux domestiques ou la faune sauvage, interroge sur les déterminants globaux et locaux à l’oeuvre. L’augmentation quantifiable des phénomènes épidémiques peut se mettre en relation à la « Grande Accélération » des changements planétaires globaux : mondialisation des échanges, intensification de l’agriculture et de l’élevage, perte de biodiversité, modification des habitats, urbanisation, dérèglement climatique. De cette première analyse, il ressort que la mobilité est un facteur de globalisation des épidémies, mais que comprendre l’émergence nécessite de reconnaître que l’évolution et l’histoire sont structurants du présent.

La transmission est cependant, et d’abord, un processus local qui s’insère dans des socio-écosystèmes dynamiques. Une douzaine d’années de travaux de terrain sur les liens entre biodiversité et santé dans les environnements changeants d’Asie du Sud-Est vont servir d’illustration d’une écologie de la transmission des agents infectieux s’appuyant sur l’engagement des communautés et de leurs administrations locales. De cette seconde analyse, on retiendra l’importance d’approches multidisciplinaires (des analyses moléculaires aux analyses paysagères en passant par la sociologie des acteurs) intégrées dans le réseau d’interaction des différents porteurs d’intérêts (communautés, administrations, santé publique, santé animale, conservation, chercheurs) et de leurs relations à l’environnement (usage des terres, biodiversité). On retiendra également la nécessité de mettre en place des observatoires des dynamiques socio-environnementales et de la santé.

En conclusion, on soulignera (1) la nécessité d’articuler le global et le local dans la cadre de la gouvernance multi-échelles de l’environnement et de la santé (One Health / Planetary Health) et (2) d’une meilleure description de la complexité de la transmission ; ceci, afin de mieux agir sur les causes des émergences et des épidémies si on veut éviter d’en traiter les conséquences.

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 Séminaire 01/04/21 à 11h00

Diego SANTOS-GARCIA, actuellement en postdoc au LBBE à Lyon, présentera un séminaire intitulé

Did Coxiella-like endosymbionts evolve from a parasitic Coxiella?

Résumé :

Coxiella burnetii, a gamma proteobacterium of the order Legionellales, is the causative Q fever agent in humans. This illness is considered a zoonosis, and livestock is the primary host reservoir for human infections. Q fever ranges from an asymptomatic to flu-like condition. C. burnetii is an intracellular bacterium but can persist for long periods in the environment as a resistant form. This form can be inhaled and infect different mammals, including humans. C. burnetii has developed various mechanisms to invade and subvert its host cells. The most striking is the use of the phagolysosome, which has an acidic pH of 4.5, of the host cell to develop and grow.

The first C. burnetii strain was isolated from a tick. While these arthropods can harbor C. burnetii they are not responsible for their transmission. Surprisingly, several C. burnetii related intracellular bacteria have established mutualistic relationships with ticks. These Coxiella-like endosymbionts (LE) present high prevalence in some tick species where they are also vertically transmitted. Genome analysis of different Coxiella-LE suggests that they compensate ticks unbalanced diet (blood) producing B vitamins. Interestingly, experimental tests indicate that Coxiella-LE can replicate neither in the host’ phagolysosomes nor in the axenic acid medium developed for C. burnetii.

We obtained two new Coxiella-LE genomes in this work, one of them placed in the same phylogenetic clade as C. burnetii. To get further insights into Coxiella evolutionary history, we compared all available Coxiella genomes and their close relatives. Phylogenomics and genomic synteny analysis suggest that C. burnetii and Coxiella-LE derive from the same ancestor. This Coxiella ancestor was probably a parasite able to survive on the lysosome and manipulate its host, an ability lost in all Coxiella-LE. We hypothesize that acid and alkaline resistance mechanisms are essential to colonize the phagolysosome and survive in the external environment. Their loss has probably played an important role in taming Coxiella into a mutualistic symbiont.

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