Seminars
The programming of the seminars is done on a voluntary basis and any MIVEGEC agent can contact the organizing team in order to propose a conference theme as well as one or more speakers.
Séminaire 17/02/22 à 11h00
Présenté par Josquin Daron
The evolutionary history of Anophelees coluzzi in Gabon: Local adaptationin the face of strong gene flow
Résumé :
From a population genetic perspective, local adaptation in spatially heterogeneous environments results from the balance between genetic drift, local selection, mutation, and migration. Here, we study the interplay among these different evolutionary forces and the population demographic history in Anophele coluzzii along an ecological gradient marked by different levels of anthropization. In Africa, mosquitoes of the An. gambiae complex are the main vector of malaria parasite transmission, causing ~445,000 deaths each year, especially among children under the age of 5. In order to achieve complete elimination of malaria, it is critical to understand the remarkable ability of Anopheles mosquitoes to adapt to new environments, which allow them to be present almost everywhere in sub-Saharan Africa. We first sequenced the whole genome of 96 individuals inhabiting three distinct habitats in Gabon including the wild savanna/forest and a rural village in the La Lope National park, and the nearby major city of Libreville. We identified 5.7 millions of single nucleotide polymorphism across the genome. Using population genomic approaches, we investigated the population structure, connectivity, and demographic history of these individuals to then characterize signature of natural selection possibly involved in their adaptation to each of these distinct environments. We found evidence of distinctive signals of selection across the genome between these populations, suggesting that local adaptation is occurring in these populations, despite their close geographic proximity and high connectivity. Therefore, even if theory predicts that local adaptation is difficult in presence of high homogenizing effect of gene flow, the present study highlights a certain number of conditions permitting it
La vidéo bientôt ici.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : thibaut.langlois@ird.fr ; margaux.lefebvre@ird.fr ; sophie.tissot@ird.fr
Séminaire 20/01/22 à 11h00
Présenté par Priscille Barreaux
Impact of insecticide resistance on the efficacy of malaria vector control
Résumé :
Standard WHO insecticide resistance monitoring assays are designed for resistance surveillance and do not necessarily provide insight into how different frequencies, mechanisms or intensities of resistance affect insecticidal nets (ITNs) efficacy. Besides, WHO assays leave out the most important parameters for malaria transmission: longevity, blood feeding success and biting rate. Since these parameters affect the ability of mosquitoes to transmit malaria, they should be an integral part of ITNs evaluation. We assessed the efficacy of different ITNs with field-derived Anopheles gambiae s.l. mosquitoes exhibiting moderate to extremely high pyrethroid resistance. First, we quantified the impact of multiple ITN exposures in varying environmental conditions (e.g. net quality, host availability, larval diets, etc.) on the ability to survive several gonotrophic cycles and we explored further the mediating effect of taking one or more blood meals. The presence of an ITN immediately reduces host searching and blood feeding in short distance assays and surviving mosquitoes do not necessarily go through additional gonotrophic cycles, either because they die before the next one, or because of a lower ability to take blood meals later in life. In addition, contact irritancy induced by insecticide exposure delays the start of blood-feeding, reduces bloodmeal duration and blood volume. Finally, our age-dependent mathematical model suggests ITNs reduce the vectorial capacity of the malaria vector despite insecticide resistance. This underlines the urgency of finding new standardized methods for insecticide resistance monitoring to improve our understanding of the consequence of resistance on malaria transmission and control.
La vidéo ici.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 06/01/22 à 11h00
Présenté par Yvon Sterckers
State of the arte of molecular and cellular biology to study the core cellular processes of the divergent eukaryote
Résumé :
In the last three decades, our group has been working on the genetics of Leishmania, a flagellated protozoan parasite responsible for a large spectrum of disease. We have been pioneers in the subject since 1989, by producing restriction maps of whole Leishmania chromosomes (Blaineau et al.Mol.Biochem. Parasitol. 1991); showing the plasticity of the subtelomeric chromosomal regions; establishing the first molecular karyotypes for12 Leishmania species (reviewed in Bastienet al. Parasitol today. 1992, and Ravel et al.1998); and by establishing mosaic aneuploidy as a constitutive feature widespread in the Leishmania genus (Sterkers et al. Cell. Microbiol.2011, Sterkers et al. Mol.Microbiol.2012, Lachaud et al.Microbes Infect.2013 and reviewed in sterkerset al. Trends Parasitol.2014) Working on divergent eukaryotes often need to coin and to adapt technics to the specificity of these models, in that sense, we have implemented FISH, ChiP-seq, DNA Combing, CRISPR-Cas9 and inducible CRISPR-Cas9-diCRE systems in Leishmania (Sterkers et al.Cell. Microbiol.2011, Garcia-Silva et al. EMBO rep 2017, Stanojcic et al. Sci Rep 2016, Sollelis et al.Cell. Microbiol.2015, Yagoubat et al.Cell. Microbiol.2020, respectively). The presentation will cover our latest findings on the cell cycle, i.e., DNA replication and chromosome segragation, as well as proliferation in sand flies and pathogenicity in mice ( Corrales et al. PLoS Pathogens 2021) , with a focus on technological developments.
La vidéo bientôt ici.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 16/12/21 à 11h00
Présenté par Célia Dechavanne
Immunité de l’enfant face au paludisme – Impact de l’infection maternelle à Plasmodium falciparum
Résumé :
Les enfants nés de mères infectées par Plasmodium falciparum pendant leur grossesse sont plus susceptibles de développer des infections pendant leur enfance. Mes travaux de recherche visent à comprendre pourquoi et comment la réponse immunitaire de ces enfants se met en place. Pour ce faire, plusieurs études sont conduites en cherchant à décortiquer chaque étape de la vie du jeune enfant, à savoir:
– à la naissance où le rôle des anticorps maternels transmis à l’enfant est étudié;
– entre 0 et 6 mois: où la mise en place des réponses cellulaire et anticorps propre à l’enfant est évaluée;
– et après 6 mois de vie, lorsque l’effet des anticorps maternels n’est plus majoritaire, les réponses anticorps et cellulaire de l’enfant sont étudiées.
Ces différentes thématiques visent d’une part à comprendre les mécanismes immunitaires responsable de cette plus grande susceptibilité aux infections et d’autre part à contribuer à la mise en place d’outils de diagnostic et vaccinal.
La vidéo ici.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 09/12/21 à 11h00
Présenté par Mathieu Cayla
Signalling pathways regulating cellular differentiotion and survival in kinetoplastid parasites
Résumé :
How do kinetoplastid parasites signal and regulate differentiation processes to adapt to the different hosts they encounter? This question has been at the centre of the research I have participated in during my career. Here I present an overview of the results we have obtained and introduce the project I intend to develop as an independent researcher.
I did my PhD at the Pasteur Institute, under the direction of Dr. Gerald Späth, where I focussed on the functional characterisation of the Leishmania MAP kinase 10 (MPK10), during promastigote to amastigote differentiation. Using a combination of genetic approaches such as plasmid-shuffle, over-expression, knock-out with biochemistry approaches such as 2D-DIGE, phosphoproteomics and kinase- and FACS-based assays, we revealed unique regulatory mechanisms of the kinase. We proposed MPK10 acts as a unique parasite signal sensor of the mammalian host environment. MPK10 is present in a pre-active conformation that is auto-inhibited by its C-terminal domain in the promastigote stage. During the differentiation to amastigotes, the inhibition is lifted by dynamic (de-)phosphorylation rendering the kinase active and, thus enabling the differentiation from promastigote to amastigote.
I then joined the unit of Keith Matthews in Edinburgh with a Marie Curie Fellowship to conduct a study on the involvement of a DYRK kinase (TbDYRK) in the quorum-sensing response of Trypanosoma brucei. We performed a comprehensive analysis of its expression, activity, function, kinase targets and interactions with functional follow-up. This pipeline enabled us to identify key residues for the kinase regulation and residues evolutionarily divergent for the function of TbDYRK, compared to the ones classically found in this kinase family in other organisms. By performing complementary phosphoproteomic analysis followed by genetic screens, we also identified the molecular pathways in which TbDYRK is implicated. We revealed that TbDYRK inhibits ‘slender retainer’ proteins, such as the negative regulator of transcription NOT5, and activates ‘stumpy promoter’ molecules, such as the zinc finger ZC3H20 protein, by phosphorylation, to drive the quorum-sensing differentiation.
We are currently investigating the regulation by phosphorylation and the role of stress granules (SGs) for T. brucei quorum-sensing differentiation. The formation of stress granules occurs through liquid-liquid phase separation of the proteins, that is facilitated by the presence of low complexity regions (LCRs). Hence, during the lockdown imposed by the current COVID outbreak I initiated and led a bioinformatic project, aiming to identify LCRs in the proteome of T. brucei. We were able to determine an enrichment of LCRs in the extremities of proteins and particularly on the C-terminal regions for proteins involved in nucleic acid binding. We then linked the regulation of these regions to post-translational modifications and observed that phosphorylations are strongly enriched in LCRs. Finally, by endogenously tagging components of SGs we are observing that the formation of SGs is linked to quorum-sensing dependent differentiation in T. brucei.
The quorum-sensing response of T. brucei occurs through the sensing of oligopeptides generated by the paracrine secretion of peptidases in the extracellular environment by the parasite. I am hypothesising that the secretion of such enzymes occurs through the ER-independent lysosome exocytosis pathway. This pathway remains poorly understood in eukaryotes and depends on the autophagy machinery. In the project I would like to develop, I aim to disentangle processes underpinning the regulation of autophagy and lysosome exocytosis in T. brucei to control their cellular differentiation and host adaptation. I have obtained preliminary results confirming the tight regulation of autophagy and lysosomal exocytosis during the quorum-sensing-dependant differentiation of mammalian-infective T. brucei. Therefore, by demonstrating how phosphorylation controls autophagy, exocytosis and differentiation, this project will significantly enhance our understanding of how trypanosome parasites adapt to and persist in vivo. Not only will this improve the understanding of this important group of parasites but, where core components are conserved, this project will also provide key information for other eukaryotes
La vidéo ici.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 25/11/21 à 11h00
Présenté par Alexander KLIMOVICH, est Fasciné par l’évolution de la complexité animale, il travaille au Zoological Institute and Museum du Max plank institute à l’université de Kiel en Allemagne. Ses contributions à la biologie du développement évolutif incluent la première démonstration de la formation de tumeurs chez les métazoaires basaux, la découverte que la non-sénescence d’Hydra est inhérente à sa structure d’enveloppe nucléaire robuste et la recherche de l’origine des neurones du stimulateur cardiaque. Ses recherches actuelles portent sur l’évolution du système nerveux et le rôle des gènes taxonomiquement restreints dans l’émergence des types cellulaires et les adaptations.
Evolution de la tumorigenesis chez les hydres brunes
Résumé :
Alexander et ses collaborateurs ont étudiés les mécanismes cellulaires et moléculaires qui conduisent à la tumorigenèse chez le polype d’eau douce Hydra oligactis. actuellement, l’hypothèse retenue est celle de relations causales entre le microbiote altéré associé et l’excroissance tissulaire chez Hydra. Ces résultats peuvent fournir des informations approfondies sue le rôle du microbiote, ainsi que d’autres facteurs environnementaux, dans le maintien de l’homéostasie tissulaire normale via un ajustement approprié de l’activité des cellules souches.
Bientôt la vidéo ici.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 18/11/21 à 11h00
Présenté par Denis Bourguet et Thomas Guillemaud chercheurs INRAE. Ils ont co-fondé Peer Community In en 2017 avec Benoit Facon.
Peer Community In : A free alternative to evaluate, validate (and publish?) prepints
Résumé :
The Peer Community In (PCI,https://peercommunityin.org) project offers an alternative to the current system of publication – which is particularly expensive and not transparent. PCI is a non-profit scientific organization building communities of researchers handling the evaluation (through peer-review) and recommendiation of preprints in their scientific field. Each PCI is a group of several hundred recommenders playing the role of editors who recommend preprints based on peer-reviews to make them complete, reliable and citable articles, without the need for publication in ‘traditional’ journals (although the authors can submit their recommended preprints afterwards). Evaluations and recommendations by a PCI are free of charge. When a recommender decides to recommend a preprint, they write a recommendation text that is published along with all the editorial correspondence (reviews, recommender’s decisions, authors’ replies) on the PCI website. The preprint itself is not published by PCI: it remains on the preprint server where it has been posted by the authors and can therefore be submitted to a journal or published in the all new “Peer Community Journal”, an open access diamond journal launched this fall. The first Peer Community In was started in 2017: Peer Community in Evolutionary Biology (PCI Evol Biol) and there are now 13 functioning PCIs, including PCI Infections, PCI Ecology and PCI Zoology. More than 1200 scientists from around the world have already joined as PCI recommanders. The PCI initiative won the 2020 LIBER award for library innovation of the European League of Research Libraries.
La vidéo ici.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 21/10/21 à 11h00
Présenté par Olivier Dangles directeur de recherche en Écologie et Directeur adjoint délégué à la science de l’IRD
Science de la durabilité : quels défis pour les recherches en santé ?
Résumé :
Officiellement apparue comme un domaine de recherche à part entière au début du 21ème siècle, la science de la durabilité s’intéresse aux interconnexions complexes entre les systèmes naturels, sociaux et techniques, et à la manière dont ces interactions affectent, dans le temps et l’espace, les systèmes de maintien de la vie sur la planète et le bien-être humain. In fine cette science ambitionne de proposer des solutions durables aux grands défis mondiaux, ce qui nécessite le plus souvent des approches co-construites et multi-acteurs. Cette science aux interfaces disciplinaires est désormais omniprésente dans l’écosystème du chercheur: les plus grands journaux scientifiques comme Nature, Science ou PNAS lui donnent une place croissante, de nouvelles revues dédiées à ces approches voient le jour, les universités créent des centres interdisciplinaires et adaptent leurs cursus de formation, les appels à projets des programmes internationaux incorporent les mots clés méthodologiques liés à la “durabilité”. Dans ce contexte très dynamique, quelles sont les défis pour les sciences de la santé ?
Bientôt la vidéo ici.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 07/10/21 à 11h00
Présenté par Michelle Evans
An integrative approach to mapping mosquitoes in cities
Résumé :
Mosquito-borne diseases pose an increasing threat around the world, particularly in urban centers. However, the burden of disease in cities is not evenly or randomly distributed, and is a result of spatial patterns in socio-ecological drivers of mosquito-borne disease. Understanding the drivers of spatial patterns of mosquito-borne disease in cities allows us to identify potential hotspots of disease, and target these hotspots for vector control and other public health interventions. In this seminar, I will present two projects that aim to better understand the spatial pattern of disease in cities by focusing on interactions between the mosquito vector, the human host, and the pathogen. The first project explores carry-over effects on vector competence and transmission potential resulting from variation in larval microclimate across an urban gradient. The second project introduces a mixed methods approach that integrates semi-structured interviews and entomological surveys to explore drivers of human exposure to mosquitoes. Together, this work suggests that mosquito-borne disease risk in cities is not adequately explained by simple “count” data, and we should consider mosquito ecology and social systems in our exploration of urban hotspots of disease.
La vidéo ici.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 30/09/21 à 15h00
Présenté par Benjamin Roche et David Roiz
The international lab ELDORADO: (E)cosystem,bio(L)ogical(D)iversity, habitat m(O)difications, and (R)isk of emerging P(A)thogens and (D)iseases in Mexic(O). How ti link biodiversity and emerging diseases?
Résumé :
Health and human well-being are recognized by the United Nations as a fundamental right. However, it is increasingly recognized that growing pressures on our environment threaten the current and future health of humans through a gradual degradation of health-benefiting ecosystem services that can contribute to human well-being. To this extent, deforestation may result in the loss of ecosystem and biodiversity services such as carbon sinks, leading to increased climate change risk, and major changes in animal communities that may have implications for an increase of Emerging Infectious Diseases (EIDs) transmission potential greatly impacting vulnerable populations. Today, the World Health Organization (WHO) estimates that 23% of global deaths are related to unhealthy environments.
Despite these critical links, health, environment, social sciences and economic scientific communities have typically worked in isolated silos, with little coordination. Moreover, the demonstrated link between reduction of vertebrate biodiversity and transmission increase of zoonotic pathogens clearly calls for investigating the possibility to use biodiversity conservation strategies as a public health opportunity. However, to be resilient and sustainable, such win-win strategy has also to consider that natural resources consumption is strongly linked with local economic growth, which is also reciprocally impacted by exposure to zoonotic pathogens. Understanding this whole complex system could allow designing intriguing and innovative strategies respecting population health, economic development and biodiversity conservation.
To this extent, Mexico has an extraordinarily important role to play. This emerging economy clearly suffers from ecosystem alteration (as agriculture, urbanisation and deforestation) and pathogen spreading (H1N1 flu pandemics, Zika, dengue and many others). Nevertheless, this country has the capacity and willingness to implement scientifically-based solutions on the field thanks to much respected institutions such as the federal university (UNAM) and the public health agency (INSP). Moreover, his example can disseminate throughout the whole region, and especially to the countries with the highest poverty rates (such as Guatemala and Haiti).
The proposed international laboratory (LMI) ELDORADO, which is based in Mexico and Mérida City and working in the Yucatan peninsula, aims gathering a multidisciplinary and international group of scientists proposing a novel and integrated research strategy to address this lack through four main objectives: (i) improving our knowledge on the relationship between ecosystem alteration, human behavior and risk of emerging zoonotic infections, (ii) providing scientifically-based and integrative strategies for public health and environmental authorities combining human health, biodiversity conservation and economic growth through a format of sustainable development toolkit, (iii) setting up a strong regional capacity building strategy to make Mexico a regional and world leader on these issues through the collaboration with the IRD and (iv) initiating the creation of a new center on the UNAM campus in Merida focusing on fundamental and translational research of sustainable sciences. Here, we will present the advances and perspectives of this international lab together with other synergic projects.
La vidéo ici !
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 16/09/21 à 11h00
Présenté par Julien Pompon
Dengue virus infection modifies mosquito blood-feeding behavior to increase transmission
Résumé :
Mosquito blood-feeding behavior is a key determinant of the epidemiology of dengue virsuses (DENV), the most prevalent mosquito-borne viruses. However, despite its importance, the influence of DENV infection on mosquito blood-feeding behavior and how this alters transmission capacity remain unclear. Here, were developed a high-resolution video-based assays to generate high-throughput unbiased statistically-analyzable behavioral data of Aedes aegypti mosquito blood-feeding on mice. We then applied multivariate analysis to ordinate behavioral parameters into complex behaviors. We showed that DENV infection increased mosquito attraction to jost and hondered biting efficiency, the latter resulting in infected mosquitoes biting more ti reach similar blood repletion as uninfected mosquitoes. To test how the alteration on biting behavior influences transmission, we established an in vivo transmission model with immuno-competent mice and demonstrated that successive bites within a short period of time all resulted in transmission. Finally, we integrated the behavioral data within a mathematical model to determine how DENV-induced alterations in host-seeking and biting influence epidemiology. We calculated nearly a doubling of the number of infected hosts per infected modulates mosquiti blood-feeding beahvior to increase vector capacity, proportionally aggraving DENV epidemilogy. The influence of DENV infatcion on mosquito will inform epidemiological modeling to tailor interventions.
La vidéo accessible ici
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 09/09/21 à 11h00
Présenté par Chiara Vanalli
Disentangling the triangle of host-parasite-environment: The impacts of climate change on infections
Résumé :
The success of any parasitic infection requires the interaction of a susceptible host, a virulent pathogen, and an environment favorable for the disease development. The host, the pathogen and the environment form one interconnected triangular system, the so-called ‘disease triangle’. Climate change, i.e. a significant variation of abiotic environmental conditions due to increased atmospheric concentration of greenhouse gasses, could greatly alter the triangular equilibrium of infections. Direct and indirect climatic effects on the pathogens and their hosts have already been detected, such as shifts in spatial pathogen distribution and severity of disease outbreaks. Therefore, a deeper and comprehensive understanding of how climate change is going to impact present and future infections is fundamental to properly design and implement control strategies.
Here, I present studies on two independent study systems, a fungal pathogen of peaches in France and two gastrointestinal helminths of European rabbits in the UK, and examine the impacts of climate change using the respective ‘disease triangle’ approach. For both study systems, i) we assessed the climatic dependency of each parasite species using available laboratory experiments, performed under controlled climatic conditions; ii) we simulated the observed infection time-series in the field, implementing the estimated climatic functions; iii) we predicted future infection trends under the ‘Business as usual’ climate change scenario, the Representative Concentration Pathway 8.5, which assumes no global effort in reducing future greenhouse gasses emissions.
For the French peach production, we found that climate change is expected to shift towards north-west the suitable areas for peach cultivation and to decrease brown rot infection risk, due to future drier and warmer conditions. For the gastrointestinal parasites of rabbits in the UK, our findings show that responses to climatic conditions are parasite specific. Furthermore, the host properties, e.g. breeding phenology, presence of coinfections and immune regulation, can interact with the expected variations of the parasite dynamics due to climate change. Overall, climate change impacts cannot be generalized but often are site dependent and locally variable. My two studies stress the importance to consider the host-parasite-environment triangle when examining the factors that affect disease dynamics and forecasting future infection outbreaks and disease spread.
La vidéo bientôt accessible !!
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 02/09/21 à 11h00
Présenté par Antoine Claessens
How does Plasmodium falciparum establish a chronic asymptomatic infection ?
Résumé :
The vast majority of all Plasmodium falciparum infections worldwide are asymptomatic and can persist for months. The malaria parasite would evade the host immune system thanks to antigenic variation, the recurrent change of VAR/PfEMP1 antigens at the surface of the infected red blood cell. We aim to test this hypothesis with human blood samples from a Controlled Human Malaria Infection study, and from a cohort of chronic infections in The Gambia. qRT-PCR results indicate a much faster var switching rate than previous measured in vitro, while preliminary RNAseq data identify some var genes persisting over multiple months. We argue that asymptomatic infection is the parasite’s best asset for survival but it can be exploited if studied as a new model for host–pathogen–vector interactions.
La vidéo accessible ici
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 01/07/21 à 11h00
Présenté par Mathilde Jaquet et Thibaut Langlois
Identification des mécanismes impliqués dans la chronicité musculaire du virus Chikungunya
Résumé : Présentation Mathilde Jaquet
Les modifications de notre environnement ont entraîné l’émergence ou la réémergence d’agents pathogènes pour l’Homme comme le virus Chikungunya (CHIKV), un arbovirus de la famille des Togaviridae. Ce virus a provoqué récemment des épidémies majeures en Afrique, en Asie, dans l’océan Indien, dans les Caraïbes et les Amériques affectant des millions de personnes. L’adaptation du virus à Aedes albopictus (moustique Tigre), qui se développe dans les régions tempérées, a conduit à l’apparition de plusieurs cas en Italie (dès 2007) et dans le sud de la France depuis 2014 (Montpellier) et récemment (Août 2017) dans le Var, laissant craindre des épidémies dans le sud de l’Europe. Du fait de l’expansion mondiale d’Aedes albopictus, CHIKV pourrait être responsable d’une pandémie.
La pathologie causée par le CHIKV (CHIKV disease, CHIKVD) peut présenter 2 phases: une phase aiguë comportant des symptômes peu spécifiques (fièvre, myalgies, arthralgies, céphalées) et une phase chronique (atteintes musculo-squelettiques). Le pourcentage de patients qui progressent dans la phase chronique est important et varie de 40 à 80%. Dans les formes chroniques, les manifestations cliniques se maintiennent pendant plusieurs mois voire des années sous forme d’atteintes musculo-squelettiques importantes avec des périodes prolongées d’invalidité. Cette chronicité entraîne des coûts importants du fait de la prise en charge des symptômes. L’infection par le CHIKV constitue donc un problème majeur de santé publique qu’il convient d’investiguer plus en profondeur.
Des études chez l’homme et chez l’animal ont permis de montrer que les muscles squelettiques (MS) étaient infectés par le CHIKV et que les cellules musculaires étaient permissives au CHIKV. Récemment, il a été montré que l’infection du MS par CHIKV était centrale au développement de la pathologie CHIKVD. Ces résultats montrent que le MS joue un rôle essentiel dans la pathogénicité du CHIKV et pourrait servir de réservoir viral. Néanmoins, les mécanismes impliqués dans l’infection du MS et le développement de la chronicité sont mal identifiés. Lors de mon stage, nous avons identifié certains de ces mécanismes. D’autre part, une différence de permissivité des cellules musculaires a été observée avec le virus de la Dengue (DENV), un autre arbovirus appartenant à une autre famille virale (Flaviviridae). Nous avons donc étudié la capacité des cellules musculaires à servir de réservoir à d’autres arbovirus de la famille du CHIKV (Togaviridae) comme le virus Mayaro (MAYV) ou à d’autres arbovirus émergents, tel que virus Zika (ZIKV), appartenant à une autre famille (Flaviviridae).
Évaluation du risque de maintien de la fièvre aphteuse au sein de sa communauté d’espèces hôtes sauvages, dans le Parc National de Hwange au Zimbabwe
Résumé : Présentation Thibaut Langlois
Le risque de transmission d’un pathogène entre ces différents hôtes animaux dépend de nombreux facteurs écologiques et épidémiologiques. Il est alors nécessaire de développer des méthodes qui permettent de synthétiser l’information pour évaluer de manière simple et efficace les taux de transmission, et ainsi pouvoir apporter des réponses concrètes en terme de gestions des maladies aux interfaces faune/bétail. En adoptant une approche modélisatrice, nous avons ainsi cartographié le risque de maintien du virus de la fièvre aphteuse au sein de sa communauté d’hôtes sauvages, dans le Parc National de Hwange au Zimbabwe, en nous basant sur des méthodes de collecte et d’analyse de données, à la fois non-invasives et peu coûteuse.
La vidéo bientôt accessible !!
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 17/06/21 à 11h00
Présenté par Margaux Lefebvre et Côme Morel
Adaptation de Plasmodium falciparum, agent de la malaria, en Amérique du Sud
Résumé : Présentation Margaux Lefebvre
Nous avons examiné l’origine et l’adaptation de Plasmodium falciparum, agent le plus virulent du paludisme chez l’humain, en Amérique du Sud. Selon les études précédentes, P.falciparum aurait été introduit en Amérique du Sud à partir de l’Afrique au moment de la traite transatlantique qui s’est étalée du XVème au XIXème siècle. Au cours de son introduction, P. falciparum a dû s’adapter à de nouvelles conditions environnementales, en particulier de nouvelles populations humaines mais aussi de nouvelles espèces de moustiques. Quels gènes ont joué un rôle dans cette adaptation ? Pour répondre à cette question, nous avons analysé des génomes nucléaires provenant de 1 095 isolats, répartis sur quatre continents (Afrique, Asie, Amérique du Sud et Océanie). Grâce à l’analyse du polymorphisme sur l’ensemble du génome, nous avons tout d’abord analysé la structuration génétique du parasite en Amérique et au niveau mondial. Nous avons ainsi pu confirmer que les populations sud-américaines sont originaires d’Afrique avec au moins deux introductions indépendantes. Nous avons par ailleurs cherché des traces de sélection positive le long du génome des populations du Nouveau Monde en utilisant des statistiques telles que l’iHS, XP-EHH et le FST. Nous avons détecté des signaux de sélection positive à différents endroits du génome, sur des gènes aussi bien exprimés par des stades du parasite se développant chez l’humain que chez le moustique. Parmi ces gènes, plusieurs jouent des rôles dans l’interaction avec les cellules hôtes ou sont impliqués dans l’évitement de la réponse immunitaire des hôtes. Nos résultats portent aussi sur des gènes de résistance au traitement contre la malaria. Nous discutons des limites des méthodes que nous avons utilisées pour détecter les évènements de sélection positive.
Impact de la préférence d’usage en codon d’un gène hétérologue sur le transcriptome, le protéome et l’efficacité de traduction
Résumé : Présentation Côme Morel
Il existe dans la nature une préférence pour certains codons synonymes qui va varier entre les espèces et entre les gènes au sein des génomes. Cette préférence, appelée biais d’usage des codons, est connue pour impacter l’expression génique et le fonctionnement cellulaire. L’altération de l’usage des codons d’un gène peut amener à l’altération de son propre niveau d’expression mais également aux niveaux d’expressions des autres gènes qui partagent la même machinerie de traduction. Bon nombre d’études se sont ainsi intéressées aux effets du biais d’usage en codons aux niveaux moléculaires et cellulaires chez des organismes procaryotes, mais moins se sont attardées sur ce qu’il se passait de manière globale chez l’humain. Dans cette étude nous nous sommes intéressés à l’impact de la préférence d’usage des codons de gènes hétérologues sur le transcriptome, le protéome ainsi que sur l’efficacité de la traduction chez des cellules humaines grâce à des données obtenues par une manipulation d’évolution expérimentale. Nous avons pu montrer que le facteur temporel semblait avoir le plus d’impact sur l’expression des gènes de l’hôte (plus que la version synonyme du gène hétérologue inséré ou que le régime de sélection dans lesquels les cellules ont évolué) et que le changement dans l’efficacité de traduction de certains codons semble covarier avec l’expression des aminoacyl ARNt synthétases, des protéines impliquées dans la charge des ARNt permettant la traduction.
La vidéo ici
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 10/06/21 à 11h30
Présenté par Lola Estabes
Invasions biologiques et trasmission de maldies infectieuses : études de l’intercation entre un mollusque d’eau douce (Austropeplea viridis) le parasite Fasciola hepatica
Résumé :
L’introduction d’une espèce dans un nouvel écosystème peut avoir des conséquences en terme de propagation ou de maintien de certaines maladies infectieuses. La fasciolose une maladie causée par le parasite trématode Fasciola hepatica et est largement distribuée dans le monde. La distribution de la maladie est fortement corrélée à la présence d’hôte intermédiaire ; principalement des mollusques d’eau douce de la famille des Lymnaeidae. Une espèce de limnée; Austropeuplea viridis, a été récemment (2017) décrite en Espagne au niveau du Delta de l’Ebre. Ainsi, l’objectif de l’étude est de qualifier l’éventuelle susceptibilité du mollusque face au parasite présent sur le territoire et d’évaluer les impacts potentiels du parasite sur certains traits d’histoire de vie de son hôte (survie, croissance et fécondité). Enfin des analyses génétiques ont été mises en place sur le parasite.
La vidéo accessible ici
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 03/06/21 à 11h00
Présenté par Victor Lopez Del Amo
TCRISP gene-drive technologies for population engineering to fight vector-borne diseases
Résumé :
CRISPR gene-drive systems have tremendous potential for wild population engineering due to their ability to self-propagate, biasing inheritance from Mendelian (50%) to super-Mendelian (>50%). This allows for the spread of beneficial traits (e.g., anti-malaria effector genes) into a community and offers a promising genetic population-engineering tool for combating vector-borne diseases, managing crop pests and supporting island conservation efforts.
While the scientific community welcomes these technologies for their enormous potential of fighting significant global issues, it also acknowledges the lack of gene drive strategies that could increase safety during optimization phases in the laboratory. Here, I will describe two new methods that I developed using Drosophila melanogaster.
First, I described the first gene-drive system controlled by an engineered Cas9 and a synthetic, orally available small molecule in Drosophila. This approach allows for fine-tuning the inheritance probability (50%-100%) of the gene-drive element providing an additional layer of safety for gene-drive containment.
Second, I developed a novel trans-complementing gene drive system where Cas9 and gRNA elements are placed in two different transgenic lines that exhibit the same properties of a full gene drive when only combined by a genetic cross.
Lastly, I will discuss other concerns around CRISPR gene drive applications while providing new solutions towards next-generation gene drive development in Anopheles stephensi mosquitoes.
La vidéo bientôt accessible !!
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 27/05/21 à 11h00
Présenté par Andres Garchitorena
The Ecology of health care delivery: insignts for local disease control
Résumé :
Health care delivery systems remain the central platform for the prevention, diagnosis and treatment of most diseases. Yet they are complex systems; their ability to reach populations depends on an array of linear and non-linear effects of geography, climate, poverty and health system factors that are still poorly studied. As a result, half of the world’s population still lacks access to essential health services despite an ever increasing knowledge on the main causes of morbidity (e.g. infectious diseases) and the solutions to address them. To optimise local disease control, systems-based approaches akin to those used in disease ecology need be adapted to the study of health systems.
I will present my work in Madagascar with the NGO PIVOT, where we combine patient geographic data from a whole district health system (community health workers, health centers, and hospital), a representative longitudinal cohort of 8,000 people, and a variety of environmental information to identify drivers of the spatio-temporal dynamics of health care access in rural Madagascar. Besides providing insights into the best ways to deliver health interventions, we use this systems-based approach to improve the study of infectious disease transmission at the local level with the ultimate goal of optimising disease control through rapid feedbacks between research and implementation.
More generally, we show how a model system in global health – based on dynamic integration of data at multiple levels of the health system and its surrounding environment – combined with research methods rooted in disease ecology can address fundamental questions on some of the most challenging global health issues.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
PhDays: 6 & 7 Mai par et pour les doctorants des UMR MIVEGEC, DIADE et PHIM
Site de l’évènement / Website : https://pazuqs2j45wdvespdzp2sa-on.drv.tw/PhDays_2021_website/fr/accueil.html
Mail de l’évènement : phddays2021@gmail.com
Résumé :
Cette édition est organisée par les doctorants de première année des UMR MIVEGEC, DIADE, et PHIM. Chaque doctorant de ces UMRs est invité à réaliser une présentation autour de sa thèse (sujet, résultats, …).
Toute personne est la bienvenue dans le public (lien visio à venir)
L’objectif des PhDays est de promouvoir la richesse des travaux effectués dans nos diverses unités, et de permettre aux doctorants d’avoir une première expérience de présentation dans des conditions agréables. Qui sait, des cadeaux seront peut-être à gagner pour les plus convaincants, les plus belles présentations, les orateurs les plus originaux …
The Ph’Days 2021 organization comitee :
Ludivine GUIGARD ludivine.guigard@ird.fr PHIM
Clarice MOULIN clarice.moulin@ird.fr MIVEGEC
Ines OUEDRAOGO ines.ouedraogo@ird.fr DIADE
Basak UYSAL basak.uysal@ird.fr MIVEGEC
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 29/04/21 à 11h00
Serge Morand , actuellement directeur de recherche au CNRS (ISEM) et chercheur associé au CIRAD(ASTRE). Il est basé en Thaïlande à la faculté de technologie vétérinaire de l’université Kasertsart, et il est également professeur invité à l afaculté de médecine tropicale de l’université Mahidolen , présentera un séminaire intitulé
Ecologie de la transmission : articuler le local au global
Résumé :
L’augmentation des émergences et des épidémies de maladies infectieuses affectant les humains, mais aussi les animaux domestiques ou la faune sauvage, interroge sur les déterminants globaux et locaux à l’oeuvre. L’augmentation quantifiable des phénomènes épidémiques peut se mettre en relation à la « Grande Accélération » des changements planétaires globaux : mondialisation des échanges, intensification de l’agriculture et de l’élevage, perte de biodiversité, modification des habitats, urbanisation, dérèglement climatique. De cette première analyse, il ressort que la mobilité est un facteur de globalisation des épidémies, mais que comprendre l’émergence nécessite de reconnaître que l’évolution et l’histoire sont structurants du présent.
La transmission est cependant, et d’abord, un processus local qui s’insère dans des socio-écosystèmes dynamiques. Une douzaine d’années de travaux de terrain sur les liens entre biodiversité et santé dans les environnements changeants d’Asie du Sud-Est vont servir d’illustration d’une écologie de la transmission des agents infectieux s’appuyant sur l’engagement des communautés et de leurs administrations locales. De cette seconde analyse, on retiendra l’importance d’approches multidisciplinaires (des analyses moléculaires aux analyses paysagères en passant par la sociologie des acteurs) intégrées dans le réseau d’interaction des différents porteurs d’intérêts (communautés, administrations, santé publique, santé animale, conservation, chercheurs) et de leurs relations à l’environnement (usage des terres, biodiversité). On retiendra également la nécessité de mettre en place des observatoires des dynamiques socio-environnementales et de la santé.
En conclusion, on soulignera (1) la nécessité d’articuler le global et le local dans la cadre de la gouvernance multi-échelles de l’environnement et de la santé (One Health / Planetary Health) et (2) d’une meilleure description de la complexité de la transmission ; ceci, afin de mieux agir sur les causes des émergences et des épidémies si on veut éviter d’en traiter les conséquences.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr
Séminaire 01/04/21 à 11h00
Diego SANTOS-GARCIA, actuellement en postdoc au LBBE à Lyon, présentera un séminaire intitulé
Did Coxiella-like endosymbionts evolve from a parasitic Coxiella?
Résumé :
Coxiella burnetii, a gamma proteobacterium of the order Legionellales, is the causative Q fever agent in humans. This illness is considered a zoonosis, and livestock is the primary host reservoir for human infections. Q fever ranges from an asymptomatic to flu-like condition. C. burnetii is an intracellular bacterium but can persist for long periods in the environment as a resistant form. This form can be inhaled and infect different mammals, including humans. C. burnetii has developed various mechanisms to invade and subvert its host cells. The most striking is the use of the phagolysosome, which has an acidic pH of 4.5, of the host cell to develop and grow.
The first C. burnetii strain was isolated from a tick. While these arthropods can harbor C. burnetii they are not responsible for their transmission. Surprisingly, several C. burnetii related intracellular bacteria have established mutualistic relationships with ticks. These Coxiella-like endosymbionts (LE) present high prevalence in some tick species where they are also vertically transmitted. Genome analysis of different Coxiella-LE suggests that they compensate ticks unbalanced diet (blood) producing B vitamins. Interestingly, experimental tests indicate that Coxiella-LE can replicate neither in the host’ phagolysosomes nor in the axenic acid medium developed for C. burnetii.
We obtained two new Coxiella-LE genomes in this work, one of them placed in the same phylogenetic clade as C. burnetii. To get further insights into Coxiella evolutionary history, we compared all available Coxiella genomes and their close relatives. Phylogenomics and genomic synteny analysis suggest that C. burnetii and Coxiella-LE derive from the same ancestor. This Coxiella ancestor was probably a parasite able to survive on the lysosome and manipulate its host, an ability lost in all Coxiella-LE. We hypothesize that acid and alkaline resistance mechanisms are essential to colonize the phagolysosome and survive in the external environment. Their loss has probably played an important role in taming Coxiella into a mutualistic symbiont.
* membres de Mivegec voir vos mails mivegec-tous pour le lien et son mot de passe
L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr