Séminaires

Les séminaires MIVEGEC (Maladies Infectieuses et Vecteurs : Ecologie, Génétique, Evolution et Contrôle) proposent un programme de conférences hebdomadaires ou toutes les deux semaines dans les thématiques de l’unité. Les séminaires ont lieu le jeudi à 11h.
Le comité d’organisation des séminaires est composé de doctorants de 1ère année et est renouvelé chaque année.
Pour 2021, ce comité est composé de Clarice Moulin (équipe HEAT), Florence Droguet (équipe EVCO) et Ange Tchakounte (équipe TRIAD).

 

La programmation des séminaires se fait sur le principe du volontariat et tout agent de MIVEGEC peut contacter l’équipe organisatrice afin de lui proposer un thème de conférence ainsi qu’un ou plusieurs conférenciers.

Nous souhaitons mettre en avant les travaux réalisés par les différents membres de l’unité, faire connaître les nouveaux arrivants (chercheurs, ITAs, post-doc, doctorants et même stagiaires) mais également inviter des chercheurs extérieurs à l’unité et travaillant sur les mêmes thématiques dans le but de diversifier les approches.

 

 

 Séminaire 01/07/21 à 11h00

 

Présenté par Mathilde Jaquet et Thibaut Langlois

Identification des mécanismes impliqués dans la chronicité musculaire du virus Chikungunya

Résumé : Présentation Mathilde Jaquet

Les modifications de notre environnement ont entraîné l’émergence ou la réémergence d’agents pathogènes pour l’Homme comme le virus Chikungunya (CHIKV), un arbovirus de la famille des Togaviridae. Ce virus a provoqué récemment des épidémies majeures en Afrique, en Asie, dans l’océan Indien, dans les Caraïbes et les Amériques affectant des millions de personnes. L’adaptation du virus à Aedes albopictus (moustique Tigre), qui se développe dans les régions tempérées, a conduit à l’apparition de plusieurs cas en Italie (dès 2007) et dans le sud de la France depuis 2014 (Montpellier) et récemment (Août 2017) dans le Var, laissant craindre des épidémies dans le sud de l’Europe. Du fait de l’expansion mondiale d’Aedes albopictus, CHIKV pourrait être responsable d’une pandémie.
La pathologie causée par le CHIKV (CHIKV disease, CHIKVD) peut présenter 2 phases: une phase aiguë comportant des symptômes peu spécifiques (fièvre, myalgies, arthralgies, céphalées) et une phase chronique (atteintes musculo-squelettiques). Le pourcentage de patients qui progressent dans la phase chronique est important et varie de 40 à 80%. Dans les formes chroniques, les manifestations cliniques se maintiennent pendant plusieurs mois voire des années sous forme d’atteintes musculo-squelettiques importantes avec des périodes prolongées d’invalidité. Cette chronicité entraîne des coûts importants du fait de la prise en charge des symptômes. L’infection par le CHIKV constitue donc un problème majeur de santé publique qu’il convient d’investiguer plus en profondeur.
Des études chez l’homme et chez l’animal ont permis de montrer que les muscles squelettiques (MS) étaient infectés par le CHIKV et que les cellules musculaires étaient permissives au CHIKV. Récemment, il a été montré que l’infection du MS par CHIKV était centrale au développement de la pathologie CHIKVD. Ces résultats montrent que le MS joue un rôle essentiel dans la pathogénicité du CHIKV et pourrait servir de réservoir viral. Néanmoins, les mécanismes impliqués dans l’infection du MS et le développement de la chronicité sont mal identifiés. Lors de mon stage, nous avons identifié certains de ces mécanismes. D’autre part, une différence de permissivité des cellules musculaires a été observée avec le virus de la Dengue (DENV), un autre arbovirus appartenant à une autre famille virale (Flaviviridae). Nous avons donc étudié la capacité des cellules musculaires à servir de réservoir à d’autres arbovirus de la famille du CHIKV (Togaviridae) comme le virus Mayaro (MAYV) ou à d’autres arbovirus émergents, tel que virus Zika (ZIKV), appartenant à une autre famille (Flaviviridae).

Évaluation du risque de maintien de la fièvre aphteuse au sein de sa communauté d’espèces hôtes sauvages, dans le Parc National de Hwange au Zimbabwe

Résumé : Présentation Thibaut Langlois

Le risque de transmission d’un pathogène entre ces différents hôtes animaux dépend de nombreux facteurs écologiques et épidémiologiques. Il est alors nécessaire de développer des méthodes qui permettent de synthétiser l’information pour évaluer de manière simple et efficace les taux de transmission, et ainsi pouvoir apporter des réponses concrètes en terme de gestions des maladies aux interfaces faune/bétail. En adoptant une approche modélisatrice, nous avons ainsi cartographié le risque de maintien du virus de la fièvre aphteuse au sein de sa communauté d’hôtes sauvages, dans le Parc National de Hwange au Zimbabwe, en nous basant sur des méthodes de collecte et d’analyse de données, à la fois non-invasives et peu coûteuse.

La vidéo bientôt accessible !!

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L’équipe des séminaires MIVEGEC : clarice.moulin@ird.fr ; florence.droguet@ird.fr ; ange.tchakounte@ird.fr

 Séminaire 17/06/21 à 11h00

 

Présenté par Margaux Lefebvre et Côme Morel

Adaptation de Plasmodium falciparum, agent de la malaria, en Amérique du Sud

Résumé : Présentation Margaux Lefebvre

Nous avons examiné l’origine et l’adaptation de Plasmodium falciparum, agent le plus virulent du paludisme chez l’humain, en Amérique du Sud. Selon les études précédentes, P.falciparum aurait été introduit en Amérique du Sud à partir de l’Afrique au moment de la traite transatlantique qui s’est étalée du XVème au XIXème siècle. Au cours de son introduction, P. falciparum a dû s’adapter à de nouvelles conditions environnementales, en particulier de nouvelles populations humaines mais aussi de nouvelles espèces de moustiques. Quels gènes ont joué un rôle dans cette adaptation ? Pour répondre à cette question, nous avons analysé des génomes nucléaires provenant de 1 095 isolats, répartis sur quatre continents (Afrique, Asie, Amérique du Sud et Océanie). Grâce à l’analyse du polymorphisme sur l’ensemble du génome, nous avons tout d’abord analysé la structuration génétique du parasite en Amérique et au niveau mondial. Nous avons ainsi pu confirmer que les populations sud-américaines sont originaires d’Afrique avec au moins deux introductions indépendantes. Nous avons par ailleurs cherché des traces de sélection positive le long du génome des populations du Nouveau Monde en utilisant des statistiques telles que l’iHSXP-EHH et le FST. Nous avons détecté des signaux de sélection positive à différents endroits du génome, sur des gènes aussi bien exprimés par des stades du parasite se développant chez l’humain que chez le moustique. Parmi ces gènes, plusieurs jouent des rôles dans l’interaction avec les cellules hôtes ou sont impliqués dans l’évitement de la réponse immunitaire des hôtes. Nos résultats portent aussi sur des gènes de résistance au traitement contre la malaria. Nous discutons des limites des méthodes que nous avons utilisées pour détecter les évènements de sélection positive.

Impact de la préférence d’usage en codon d’un gène hétérologue sur le transcriptome, le protéome et l’efficacité de traduction

Résumé : Présentation Côme Morel

Il existe dans la nature une préférence pour certains codons synonymes qui va varier entre les espèces et entre les gènes au sein des génomes. Cette préférence, appelée biais d’usage des codons, est connue pour impacter l’expression génique et le fonctionnement cellulaire. L’altération de l’usage des codons d’un gène peut amener à l’altération de son propre niveau d’expression mais également aux niveaux d’expressions des autres gènes qui partagent la même machinerie de traduction. Bon nombre d’études se sont ainsi intéressées aux effets du biais d’usage en codons aux niveaux moléculaires et cellulaires chez des organismes procaryotes, mais moins se sont attardées sur ce qu’il se passait de manière globale chez l’humain. Dans cette étude nous nous sommes intéressés à l’impact de la préférence d’usage des codons de gènes hétérologues sur le transcriptome, le protéome ainsi que sur l’efficacité de la traduction chez des cellules humaines grâce à des données obtenues par une manipulation d’évolution expérimentale. Nous avons pu montrer que le facteur temporel semblait avoir le plus d’impact sur l’expression des gènes de l’hôte (plus que la version synonyme du gène hétérologue inséré ou que le régime de sélection dans lesquels les cellules ont évolué) et que le changement dans l’efficacité de traduction de certains codons semble covarier avec l’expression des aminoacyl ARNt synthétases, des protéines impliquées dans la charge des ARNt permettant la traduction.

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 Séminaire 10/06/21 à 11h30

 

Présenté par  Lola Estabes

 Invasions biologiques et trasmission de maldies infectieuses : études de l’intercation entre un mollusque d’eau douce (Austropeplea viridis)  le parasite Fasciola hepatica

 

Résumé :

L’introduction d’une espèce dans un nouvel écosystème peut avoir des conséquences en terme de propagation ou de maintien de certaines maladies infectieuses. La fasciolose une maladie causée par le parasite trématode Fasciola hepatica et est largement distribuée dans le monde. La distribution de la maladie est fortement corrélée à la présence d’hôte intermédiaire ; principalement des mollusques d’eau douce de la famille des Lymnaeidae. Une espèce de limnée; Austropeuplea viridis, a été récemment (2017) décrite en Espagne au niveau du Delta de l’Ebre. Ainsi, l’objectif de l’étude est de qualifier l’éventuelle susceptibilité du mollusque face au parasite présent sur le territoire et d’évaluer les impacts potentiels du parasite sur certains traits d’histoire de vie de son hôte (survie, croissance et fécondité).  Enfin des analyses génétiques ont été mises en place sur le parasite.

 

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 Séminaire 03/06/21 à 11h00

 

Présenté par  Victor Lopez Del Amo 

TCRISP gene-drive technologies for population engineering to fight vector-borne diseases

 

Résumé :

CRISPR gene-drive systems have tremendous potential for wild population engineering due to their ability to self-propagate, biasing inheritance from Mendelian (50%) to super-Mendelian (>50%). This allows for the spread of beneficial traits (e.g., anti-malaria effector genes) into a community and offers a promising genetic population-engineering tool for combating vector-borne diseases, managing crop pests and supporting island conservation efforts.

While the scientific community welcomes these technologies for their enormous potential of fighting significant global issues, it also acknowledges the lack of gene drive strategies that could increase safety during optimization phases in the laboratory. Here, I will describe two new methods that I developed using Drosophila melanogaster.

First, I described the first gene-drive system controlled by an engineered Cas9 and a synthetic, orally available small molecule in Drosophila. This approach allows for fine-tuning the inheritance probability (50%-100%) of the gene-drive element providing an additional layer of safety for gene-drive containment.

Second, I developed a novel trans-complementing gene drive system where Cas9 and gRNA elements are placed in two different transgenic lines that exhibit the same properties of a full gene drive when only combined by a genetic cross.

Lastly, I will discuss other concerns around CRISPR gene drive applications while providing new solutions towards next-generation gene drive development in Anopheles stephensi mosquitoes.

 

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 Séminaire 27/05/21 à 11h00

 

Présenté par Andres Garchitorena 

The Ecology of health care delivery: insignts for local disease control

 

Résumé :

Health care delivery systems remain the central platform for the prevention, diagnosis and treatment of most diseases. Yet they are complex systems; their ability to reach populations depends on an array of linear and non-linear effects of geography, climate, poverty and health system factors that are still poorly studied. As a result, half of the world’s population still lacks access to essential health services despite an ever increasing knowledge on the main causes of morbidity (e.g. infectious diseases) and the solutions to address them. To optimise local disease control, systems-based approaches akin to those used in disease ecology need be adapted to the study of health systems.

I will present my work in Madagascar with the NGO PIVOT, where we combine patient geographic data from a whole district health system (community health workers, health centers, and hospital), a representative longitudinal cohort of 8,000 people, and a variety of environmental information to identify drivers of the spatio-temporal dynamics of health care access in rural Madagascar. Besides providing insights into the best ways to deliver health interventions, we use this systems-based approach to improve the study of infectious disease transmission at the local level with the ultimate goal of optimising disease control through rapid feedbacks between research and implementation.

More generally, we show how a model system in global health – based on dynamic integration of data at multiple levels of the health system and its surrounding environment – combined with research methods rooted in disease ecology can address fundamental questions on some of the most challenging global health issues.

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 PhDays: 6 & 7 Mai par et pour les doctorants des UMR MIVEGEC, DIADE et PHIM

 

Site de l’évènement / Website : https://pazuqs2j45wdvespdzp2sa-on.drv.tw/PhDays_2021_website/fr/accueil.html

Mail de l’évènement : phddays2021@gmail.com 

Résumé :

Cette édition est organisée par les doctorants de première année des UMR MIVEGEC, DIADE, et PHIM. Chaque doctorant de ces UMRs est invité à réaliser une présentation autour de sa thèse (sujet, résultats, …).

Toute personne est la bienvenue dans le public (lien visio à venir)

L’objectif des PhDays est de promouvoir la richesse des travaux effectués dans nos diverses unités, et de permettre aux doctorants d’avoir une première expérience de présentation dans des conditions agréables. Qui sait, des cadeaux seront peut-être à gagner pour les plus convaincants, les plus belles présentations, les orateurs les plus originaux …

 

 

The Ph’Days 2021 organization comitee :

Ludivine GUIGARD ludivine.guigard@ird.fr  PHIM
Clarice MOULIN clarice.moulin@ird.fr  MIVEGEC
Ines OUEDRAOGO ines.ouedraogo@ird.fr  DIADE
Basak UYSAL basak.uysal@ird.fr  MIVEGEC

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 Séminaire 29/04/21 à 11h00

 

Serge Morand , actuellement directeur de recherche au CNRS (ISEM) et chercheur associé au CIRAD(ASTRE). Il est basé en Thaïlande à la faculté de technologie vétérinaire de l’université Kasertsart, et il est également professeur invité à l afaculté de médecine tropicale de l’université Mahidolen , présentera un séminaire intitulé

Ecologie de la transmission : articuler le local au global

 

Résumé :

L’augmentation des émergences et des épidémies de maladies infectieuses affectant les humains, mais aussi les animaux domestiques ou la faune sauvage, interroge sur les déterminants globaux et locaux à l’oeuvre. L’augmentation quantifiable des phénomènes épidémiques peut se mettre en relation à la « Grande Accélération » des changements planétaires globaux : mondialisation des échanges, intensification de l’agriculture et de l’élevage, perte de biodiversité, modification des habitats, urbanisation, dérèglement climatique. De cette première analyse, il ressort que la mobilité est un facteur de globalisation des épidémies, mais que comprendre l’émergence nécessite de reconnaître que l’évolution et l’histoire sont structurants du présent.

La transmission est cependant, et d’abord, un processus local qui s’insère dans des socio-écosystèmes dynamiques. Une douzaine d’années de travaux de terrain sur les liens entre biodiversité et santé dans les environnements changeants d’Asie du Sud-Est vont servir d’illustration d’une écologie de la transmission des agents infectieux s’appuyant sur l’engagement des communautés et de leurs administrations locales. De cette seconde analyse, on retiendra l’importance d’approches multidisciplinaires (des analyses moléculaires aux analyses paysagères en passant par la sociologie des acteurs) intégrées dans le réseau d’interaction des différents porteurs d’intérêts (communautés, administrations, santé publique, santé animale, conservation, chercheurs) et de leurs relations à l’environnement (usage des terres, biodiversité). On retiendra également la nécessité de mettre en place des observatoires des dynamiques socio-environnementales et de la santé.

En conclusion, on soulignera (1) la nécessité d’articuler le global et le local dans la cadre de la gouvernance multi-échelles de l’environnement et de la santé (One Health / Planetary Health) et (2) d’une meilleure description de la complexité de la transmission ; ceci, afin de mieux agir sur les causes des émergences et des épidémies si on veut éviter d’en traiter les conséquences.

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 Séminaire 01/04/21 à 11h00

 

Diego SANTOS-GARCIA, actuellement en postdoc au LBBE à Lyon, présentera un séminaire intitulé

Did Coxiella-like endosymbionts evolve from a parasitic Coxiella?

 

Résumé :

Coxiella burnetii, a gamma proteobacterium of the order Legionellales, is the causative Q fever agent in humans. This illness is considered a zoonosis, and livestock is the primary host reservoir for human infections. Q fever ranges from an asymptomatic to flu-like condition. C. burnetii is an intracellular bacterium but can persist for long periods in the environment as a resistant form. This form can be inhaled and infect different mammals, including humans. C. burnetii has developed various mechanisms to invade and subvert its host cells. The most striking is the use of the phagolysosome, which has an acidic pH of 4.5, of the host cell to develop and grow.

The first C. burnetii strain was isolated from a tick. While these arthropods can harbor C. burnetii they are not responsible for their transmission. Surprisingly, several C. burnetii related intracellular bacteria have established mutualistic relationships with ticks. These Coxiella-like endosymbionts (LE) present high prevalence in some tick species where they are also vertically transmitted. Genome analysis of different Coxiella-LE suggests that they compensate ticks unbalanced diet (blood) producing B vitamins. Interestingly, experimental tests indicate that Coxiella-LE can replicate neither in the host’ phagolysosomes nor in the axenic acid medium developed for C. burnetii.

We obtained two new Coxiella-LE genomes in this work, one of them placed in the same phylogenetic clade as C. burnetii. To get further insights into Coxiella evolutionary history, we compared all available Coxiella genomes and their close relatives. Phylogenomics and genomic synteny analysis suggest that C. burnetii and Coxiella-LE derive from the same ancestor. This Coxiella ancestor was probably a parasite able to survive on the lysosome and manipulate its host, an ability lost in all Coxiella-LE. We hypothesize that acid and alkaline resistance mechanisms are essential to colonize the phagolysosome and survive in the external environment. Their loss has probably played an important role in taming Coxiella into a mutualistic symbiont.

 

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