BioGEPPE : Biologie, Génétique et Pathologie des Eucaryotes Unicelullaires

Animateur : Yvon STERKERS

Problématiques et objectifs :

L’équipe travaille autour de trois thématiques : l’étude des processus biologiques fondamentaux des trypanosomatidés : Leishmania (responsables de la leishmaniose) et Trypanosoma brucei (agent de la maladie du sommeil), de la Génomique et de la Recherche translationnelle

L’équipe s’intéresse actuellement à la réplication de l‘ADN et la ségrégation des chromosomes chez ces trypanosomatidés ainsi qu’à plusieurs protéines associées aux microtubules et impliquées dans la biogenèse du flagelle et dans les modifications post-traductionnelles, en particulier le Tubulin-code. L’équipe a été la première à implémenter le système CRISPR-Cas9 à Leishmania (Sollelis et al.Cell Microbiol 2015) et plus récemment à développer un système KO inductible combinant CRISPR-Cas9 et Di-CRE (Yagoubat et al. Cell Microbiol 2020). Demandez les plasmides ici.

Pour un protozoaire pathogène, l’adaptation à des hôtes nouveaux constitue une étape clé de l’épidémiologie, de son maintien et de sa dispersion. Les échanges génétiques et en particulier les hybridations entre espèces différentes peuvent être les moteurs de ces changements rapides. L’objectif de cette thématique est d’une part de mieux définir les entités génétiques que sont les espèces, leur circulation sur un temps long et d’autre part d’évaluer les flux génétiques inter-spécifiques, l’évolution génomique post-hybridation et d’une façon plus générale de comprendre les mécanismes fins qui interviennent dans cette évolution, indispensable à une adaptation rapide. Les modèles étudiées sont les leishmanies et les babésias.

L’équipe est implantée au CHU de Montpellier ce qui a conduit à des interactions fructueuses entre praticiens hospitaliers, enseignants-chercheurs et chercheurs de différents milieux, et a également favorisé d’autres études translationnelles concernant le diagnostic, l’identification, l’épidémiologie et la pathologie des parasites et champignons en santé humaine. Plusieurs membres de l’équipe font partie du Centre National de Référence des Leishmanioses et / ou du Pôle Biologie Moléculaire du Centre National de Référence pour la Toxoplasmose.

GeneSys : Du gène à l’écosystème

Animateur : Anne-Laure BANULS

Problématiques et objectifs :

Depuis janvier 2021, L’équipe GeneSys rassemble des membres de l’IRD, du CNRS, de l’UM et du CHU. Cette équipe s’intéresse aux systèmes infectieux du gène à l’écosystème. Les recherches se déclinent en 3 axes thématiques avec un focus particulier sur la résistance aux antibiotiques et sur le modèle Phlébotomes/Leishmania : 1. Émergence et transmission ; 2. Adaptation et évolution ; 3. Innovation et défi de santé publique. Les programmes développés dans ces axes ont pour but une meilleure compréhension du fonctionnement des foyers de transmission, le développement d’outils innovants et l’aide à la mise en place de politiques de santé publique. Nos travaux abordent divers domaines, tels que la biologie fonctionnelle, l’écologie, l’évolution, la bioinformatique, l’épidémiologie moléculaire et la santé publique. La recherche en partenariat équitable avec les pays en développement est une préoccupation majeure de l’équipe, ainsi que l’enseignement et la formation.

Le premier axe “Émergence et transmission” traite de la description et de l’explication des émergences et des transmissions des agents pathogènes humains et de la résistance aux médicaments. Cet axe étudie divers modèles et en particulier les phlébotomes et les Leishmania, Mycobacterium tuberculosis, les entérocoques, les bactéries impliquées dans les vaginoses et le Vibrio choléra. Nos recherches dans cet axe s’appuie sur le concept « One Health », avec un accent particulier sur la santé humaine intégrant des études de terrain et cliniques, génétique et génomique, du microbiote et de la dynamique spatiotemporelle

Le deuxième axe “Adaptation et évolution” étudie les phénomènes d’adaptation, tels que la résistance aux antimicrobiens, la virulence et les interactions entre pathogènes ou hôtes/pathogènes. En se concentrant sur des modèles expérimentaux pour lesquels nous avons une forte expertise (Leishmania et phlébotomes, Mycobacterium et autres bactéries), nous explorons les mécanismes qui impactent la biologie des pathogènes et de leurs vecteurs (phlébotomes) et la transmission au sein des populations humaines.

Le troisième axe “Innovation et défi de santé publique” se focalise sur le développement d’outils innovants pour l’analyse des données et l’amélioration de la santé des populations. Le but de cet axe est de répondre à des défis de santé publique et à un manque d’outils pour l’analyse des données : développement d’outils de prévention des épidémies, d’outils de diagnostic, d’outils bioinformatiques, d’alternatives aux antibiotiques dans le contexte de la pandémie mondiale de la résistance aux médicaments.

De manière transversale à ces trois axes, l’équipe GeneSys co-coordonne un Laboratoire Mixte International intitulé LMI DRISA pour « Drug Resistance in South East Asia », composé de partenaires du Vietnam (USTH, NIHE, OUCRU), Laos (CILM), Cambodge (Institut Pasteur du Cambodge) et France (LPE, Fondation Mérieux). Nous sommes également membres du comité de pilotage AMR Sud d’AVIESAN. Des activités sur la résistance aux antimicrobiens sont également en cours en Afrique en collaboration avec le Burkina Faso, le Sénégal et le Tchad. Un DUI d’antibiothérapie a été mis en place à l’Université Nazi BONI de Bobo Dioulasso au Burkina Faso. Nous sommes également partenaires dans INFRAVEC 2 pour notre expertise en phlébotomes et certains membres de l’équipe font partie du CREES (https://crees-montpellier.com/).